23 января 1965 года после окончания общекосмической подготовки Георгий Тимофеевич Береговой был официально назначен на должность космонавта второго отряда советских космонавтов. Теперь ему предстояла непосредственная подготовка к космическому полету по одной из программ – «Восход» или «Союз». Более того, 25 января генерал Н. П. Каманин сформировал организационную структуру второго отряда советских космонавтов. Командиром отряда он назначил полковника Георгия Тимофеевича Берегового, а его заместителем – подполковника Владимира Александровича Шаталова. За минувший со дня зачисления Георгия Берегового в отряд космонавтов год Каманин присмотрелся к Береговому и оценил его усердие и деловые качества во время общекосмической подготовки. Теперь у Николая Петровича больше не было сомнений, что Георгий Тимофеевич справится с возложенной на него задачей: не только лично готовиться к космическому полету, но и возглавлять коллектив своих коллег-космонавтов. Под командованием Берегового оказалось тринадцать вчерашних слушателей-космонавтов.
Уже весной 1965 года, почти сразу же после завершения полета «Восхода-2», встал вопрос о продолжении программы полетов космических кораблей этой серии. Для двух длительных космических полетов предполагалось готовить три экипажа в следующем составе: Борис Волынов и Георгий Катыс, Георгий Береговой и Лев Демин, Владимир Шаталов и Юрий Артюхин.
«Традиция дублеров – замечательная и полезная, – сделал вывод Каманин, – ее нужно укреплять, а не ломать. Пусть Георгий Береговой пока побудет в дублерах. Это только поможет ему набраться дополнительного опыта и знаний».
И 8 марта 1965 года Н. П. Каманин распорядился начать практическую подготовку космонавтов Юрия Петровича Артюхина, Георгия Тимофеевича Берегового, Бориса Валентиновича Волынова, Льва Степановича Демина и Владимира Александровича Шаталова к длительному полету на космическом корабле «Восход-3» (ЗКВ№ 6) – с продолжительностью полета около 15 суток и с возможностью создания искусственной тяжести на борту космического корабля.
24 ноября 1965 года Сергей Павлович Королев пришел к выводу, что эксперимент по искусственной тяжести не готов к осуществлению и в ближайшие год-два еще готов не будет. Кроме того, задерживалась и подготовка программы военно-прикладных экспериментов на околоземной орбите. Поэтому Королев предложил выполнить полет длительностью не 15, а 20 суток с двумя космонавтами на борту «Восхода-3». Было принято решение, что полет «Восхода-3» состоится во втором квартале 1966 года и пройдет по военной программе общей продолжительностью до 20 суток.
28 февраля 1966 года экипажи Волынов – Шонин и Береговой – Шаталов сдали экзамены по готовности к предстоящему полету на «Восходе-3». Всем космонавтам была поставлена оценка «отлично».
Борис Волынов, Георгий Шонин и их дублеры Георгий Береговой и Владимир Шаталов уже фактически приняли «Восход-3» к эксплуатации. Программа полета тоже была утверждена, и космонавты были готовы к ее выполнению. Теперь оставалось только вылететь на Байконур, вывезти на стартовую позицию ракету-носитель с космическим кораблем и отправиться в самую длительную по тем временам космическую экспедицию.
Но старт очередного советского космического корабля в 1966 году так и не состоялся. 10 мая 1966 года, за две недели до запланированного запуска, прошло заседание Военно-промышленной комиссии под председательством заместителя Председателя Совмина СССР Л. В. Смирнова. Председатель Государственной комиссии Г. А. Тюлин, главный конструктор ОКБ-1 В. П. Мишин, руководитель подготовки космонавтов генерал Н. П. Каманин доложили, что все готово к пуску 25–28 мая космического корабля «Восход-3». Но, заслушав все доклады, Л. В. Смирнов неожиданно высказался за отмену космического полета, мотивировав свое предложение тем, что полет длительностью в 18–20 суток не даст ничего нового ни науке, ни обороне страны. Время «Востоков» и «Восходов» уходило. На стапелях уже стояли космические корабли нового поколения – «Союзы».
Практическую работу по созданию многоцелевого космического корабля «Союз» (заводское наименование: 7К-ОК, изделие 11Ф615) Сергей Павлович Королев и его соратники начали еще в 1962 году. Первоначально сами конструкторы планировали, что летать их детище начнет с четвертого квартала 1964 года. Но из-за организационных, технологических и финансовых проблем изготовление космического корабля «в металле» все откладывалось и откладывалось. Только во второй половине 1965 года в сборочных цехах фирмы Сергея Павловича Королева появились первые «Союзы».