Увезя в Беарн без разрешения короля совершеннолетнего принца, пусть даже собственного сына и наследника наваррской короны, Жанна перешла Рубикон. Она показала всей Европе, что этот мальчик, из которого хотели сделать католика Бурбона, на самом деле — протестант д'Альбре. Последующие события будут трагическим, но и совершенно логичным следствием этого первого акта неповиновения и независимости. Генрих со своей стороны заявил о своем полном согласии с религиозными убеждениями и политикой своей матери. Так внезапно оборвались связи, которые столь старательно устанавливала Екатерина между ним и своими сыновьями. Их непрочность открылась королеве-матери именно в тот момент, когда она думала, что может извлечь из них выгоду. Принц Наваррский перестал вести себя как первый французский принц крови. Под энергичным влиянием матери он выбрал для себя роль иностранного принца, а потом и вождя протестантской партии.
Протестантский Беарн
Враждующие партии, уставшие от вялотекущего раздора и холодной войны, стремились к непримиримой борьбе. Конфликт разразился в сентябре. Конде принял командование военными операциями мятежных протестантов. Вместе с Франсуа д'Андело, братом Колиньи, он замыслил похитить короля и королеву-мать во время пребывания двора в Монсо-лес-Мо. Проведав об этих планах, Екатерина увезла короля в Париж под охраной швейцарских гвардейцев. Судьба ей благоприятствовала. В ноябре битва у Сен-Дени закончилась победой королевских войск и одновременно освободила ее от бездарного и несговорчивого старика, коннетабля Монморанси, павшего в бою.
Жанна узнала о намерениях своего шурина, когда находилась в пути в свой город Фуа. Поспешно вернувшись в По, она не предприняла никаких действий. Королева Наваррская все еще не решалась ввязаться в вооруженное противостояние. Она даже не разрешила своим дворянам присоединиться к армии Конде.
В это время Беарн был новой Женевой со своей национальной церковью и академией, предназначенной для обучения нового поколения кальвинистов. Всевозможные запреты тяжким бременем легли на плечи беарнцев, с точки зрения королевы чересчур веселых и чересчур распутных. В июле 1566 г. она издала ордонансы, запрещающие сквернословие, пьянство, проституцию, попрошайничество, продажу игральных карт и костей и даже танцы вокруг майских деревьев, специально посаженных на городских площадях. Церковные доходы перешли в распоряжение кальвинистов или использовались для помощи неимущим. Синод объявил о полном упразднении католицизма в Беарне. Но женевская религия затронула до сих пор только меньшинство беарнцев, особенно просвещенную буржуазию, малочисленную в этой сельской стране, где города были небольшими и редкими. Таким образом, недовольство зародилось именно в народных массах, подстрекаемых к насильственным действиям католическим духовенством, лишившимся своих приходов и имущества.
При содействии испанских агентов и с благословения каноников кафедральных соборов Лескара и Олорона возник заговор, в котором участвовала небольшая группа дворян. Его целью было устранение королевы и ее детей и изгнание протестантских священников. Предполагалось, что событие произойдет в Олороне, где сопротивление католиков было сильнее, чем в По, Жанну вовремя предупредили, но так как кровопролитие претило ее благочестивому характеру, она расстроила планы заговорщиков, не прибегая к насилию. Однако в 1567 г. недовольство разгорелось с новой силой на бурных заседаниях Штатов Беарна. Королева, против которой выступили депутаты дворянства и духовенства, еще больше ужесточила политику и объявила о своем решении окончательно искоренить «идолопоклонство», во всяком случае, в Беарне.
В Нижней Наварре, где было сильно испанское влияние, католицизм продолжал удерживать свои позиции. Использовав в качестве предлога защиту местных свобод, группа наваррских дворян под руководством графа де Люкса подняла знамя мятежа. Жанна попыталась помирить бунтовщиков, послав к ним с отрядом пехоты капитана Лалана, но восставшие арестовали ее представителя и заключили его в замок Гарри. Это прямое посягательство на ее власть глубоко оскорбило королеву, и раз уж они не подчинились ее представителю, она решила послать к ним сына.
Это была первая военная кампания юного Генриха. Он отбыл в феврале 1568 г. вместе с графом Грамоном во главе небольшого отряда беарнских дворян. Операция обошлась без больших потерь, так как бунтовщики сдались без боя. Вернувшись в маленькую столицу горного королевства, Генрих собрал толпу народа и поручил выступить перед ней на местном наречии своему генеральному прокурору Жану д'Этшару. Наваррцы по-отечески были призваны к порядку, и принц заверил их, что ни он, ни его мать «никогда не посягнут на их привилегии, обычаи и свободы и не будут принуждать их сменить религию». В этом и состояли требования населения.