Ла Моль и Коконна были арестованы и подвергнуты допросу под пытками. В качестве необходимой меры предосторожности герцога Алансонского и Генриха Наваррского поместили в Венсеннский замок в комнаты с зарешеченными окнами под надежную охрану швейцарских гвардейцев и также подвергали весьма унизительным для них допросам. Герцог Алансонский, понимая, что находится в отчаянном положении, во всем сознавался, передавая мельчайшие детали планировавшейся операции, каялся в своих прежних связях с Колиньи и даже признавался в намерении жениться на Елизавете Английской. Католическая партия, и в первую очередь Гизы, наседали на Екатерину Медичи, требуя, чтобы она избавилась наконец от этих неисправимых заговорщиков, в первую очередь от короля Наваррского. Хотя они били в самое больное место королевы-матери, указывая ей, сколь опасен был, учитывая безнадежное состояние короля, этот заговор для герцога Анжуйского, она повела себя достойно, не желая совершать столь чудовищное преступление — обрекать на смерть собственных сына и зятя. Правда, она потребовала от них полного признания и покаяния — и получила: главные заговорщики «признались», что их подбили на заговор Ла Моль и Коконна. Благополучно свалив вину на других, Генрих Наваррский, дабы заслужить прощение, поклялся в совершенной преданности королю, пообещав даже «преследовать мятежников, нарушающих мир и спокойствие в королевстве». Принц Конде, которого в момент заговора не было при дворе, счел за благо бежать к немецким князьям, тем самым навсегда выскользнув из рук Екатерины Медичи. Кто действительно хотел бежать, тот бежал, а кому хотелось лишь поиграть в заговор, тот заигрался.
В этом заговоре «политиков» и «недовольных» оказались замешанными и такие важные персоны, как маршалы Монморанси и Коссе, которых в качестве наказания посадили в Бастилию, а также знаменитый астролог королевы-матери Козимо Руджиери. Хотя этот колдун и внушал многим страх, ему тоже не удалось избежать ареста. Вскоре в руки Екатерины Медичи попал и граф Монтгомери, невольно послуживший в свое время причиной безвременной смерти Генриха II: в ходе успешной военной операции в Нормандии маршал Матиньон взял его в плен и доставил в Париж, где после суда скорого и неправого его обезглавили, а затем еще и четвертовали его бездыханное тело. Не имея возможности или не желая привлечь к ответственности главных виновников, королева-мать срывала злость на пособниках, тех, кому отводились в заговоре второстепенные роли. Самую дорогую цену заплатили Ла Моль и Коконна. Им публично, на Гревской площади, отрубили головы. Маргарита, «любившая» де Ла Моля, и герцогиня де Невер, предававшаяся любовным утехам с Коконна, совершили безумный поступок, о котором в хрониках того времени повествуется в различных версиях: в более умеренной интерпретации, они похитили тела своих возлюбленных, дабы похоронить их в освященной земле аббатства Сен-Мартен-су-Монмартр, в более пикантном варианте — похитили только головы, которые похоронили в известном лишь им месте, предварительно уложив их в золотые ковчежцы. Самую невероятную историю (которую тем не менее охотно принимают на веру любители «жареного») поведал в своем сборнике исторических анекдотов Тальман де Peo: эти две экстравагантные дамы, облачившись в знак траура по утраченным любовникам в платья, украшенные костями и черепами, распорядились забальзамировать сердца Ла Моля и Коконна, уложили их в золотые футлярчики и потом носили в мешочках под своими фижмами.
После наказания виновников заговора Карлу IX ненадолго полегчало, но потом началась долгая агония, в которой его мучили кошмары. Будучи менее бесчувственным, чем его мать, он проводил бессонные ночи, мучаясь угрызениями совести за преступления, которые сам же позволил совершить. Из-за таинственной болезни все его тело покрывалось кровавым потом. Он в ужасе беспрестанно повторял своей старой кормилице-гугенотке, не отходившей от его изголовья: «Кормилица, кормилица, что за кровь вокруг меня? Не та ли, что пролилась по моей вине? Какой страшный совет мне дали!» Та, естественно, как могла, успокаивала его, говоря, что вся вина лежит на тех, кто заставил (!) его сделать это. Разве первое лицо в государстве может быть в чем-то виновато? Перед смертью Карл IX будто бы поручил заботам Генриха Наваррского свою супругу и дочь; законного сына у него не было, имелся лишь бастард, граф Овернский, родившийся от фаворитки Марии Туше, которая еще сыграет свою роль в судьбе короля Франции Генриха IV.