Недолго пришлось поспать Маргарите. Ее разбудил оглушительный грохот. Из-за дверей, в которые барабанили руками и ногами, доносился крик: «Наварра! Наварра!» Служанка решила, что вернулся муж хозяйки, и открыла. В дверях показался окровавленный дворянин, за которым гнались четверо гвардейцев. Он обхватил Маргариту за талию, и оба упали на кровать. Появившийся капитан гвардейцев понимающе ухмыльнулся, решив, что королева Наваррская находится в объятиях любовника, и отчитал подчиненных за «бестактное поведение». Великодушно даровав жизнь ее «любовнику», он успокоил Маргариту относительно судьбы супруга, сообщив, что тот находится в безопасности. Когда гвардейцы удалились, спасенный галантно проводил свою спасительницу к ее сестре, герцогине Лотарингской. По пути они стали свидетелями того, как ударом алебарды был убит какой-то несчастный.
В ту роковую, кровавую ночь святого Варфоломея, с которой началась супружеская жизнь Генриха IV, Париж был залит кровью гугенотов. Карл IX, еще вчера друживший с ними и называвший их предводителя «отцом», внес свою лепту в эту кровавую бойню, хотя собственноручно, кажется, никого и не убил. По свидетельству Брантома, он из окна своей комнаты палил из аркебузы в сторону Сен-Жерменского предместья, где, как он знал, было много гугенотов, правда напрасно, поскольку его оружие не обладало необходимой дальнобойностью. Зато собственным примером и беспрестанными криками «Убивайте! Убивайте!» он подбивал на преступление других. Исключение было сделано лишь для немногих гугенотов, в том числе и для Амбруаза Паре, лучшего хирурга того времени, которого Карл спрятал в своей комнате.
Некоторые дворяне-гугеноты, остановившиеся в Сен-Жерменском предместье, узнав о начавшейся резне, не хотели верить, что распоряжение дал сам Карл IX, и вместо того чтобы бежать, решили отправиться в Лувр искать защиты у короля. Кое-кто из них даже подумал, что Гизы и их приспешники покушаются на королевскую особу, и попытался переправиться через Сену, стремясь прийти на помощь монарху. Однако на их пути встало около двух сотен солдат, открывших по ним огонь из аркебуз под одобрительные возгласы «Убей, убей!» — так что им пришлось спасаться бегством, кто как мог: на своих двоих, верхом, в сапогах или босыми, бросив всё, что имели, лишь бы унести голову на плечах. Карла IX при виде крови охватил охотничий азарт, как обычно с ним бывало на охоте, когда он не мог остановиться, убивая невинное зверье ради одного только удовольствия видеть, как хлещет кровь из подстреленной дичи. Некоторые отрицают его участие в кровавой бойне Варфоломеевской ночи, ссылаясь на то, какие угрызения совести он позднее испытывал, — но это было значительно позднее и под влиянием сразившей его болезни, воспринятой им как Божья кара. Правда, как сообщают очевидцы, Карл IX, услышав первые выстрелы, устрашился последствий собственного решения и послал нарочного к Гизу с требованием остановить кровопролитие, но, естественно, оказалось уже слишком поздно. Было ли это искренним порывом или игрой на публику, нам не дано знать.
Ужасы первых утренних часов Дня святого Варфоломея в Париже описаны многочисленными свидетелями и очевидцами событий. Делая скидку на то, что одни преднамеренно сгущали краски, а другие пытались обелить себя, нетрудно представить себе весьма безрадостное зрелище. Город в мгновение ока наполнился телами убитых обоего пола и всех возрастов благодаря тому, что каждый получил возможность убивать кого угодно и по какой угодно причине под предлогом защиты веры. Представилась блестящая возможность свести счеты с давнишним врагом, завладеть имуществом соседа или просто преуспевающего человека. В людях в полный голос заговорили самые низменные инстинкты, о чем должны были бы подумать поборники незапятнанного католицизма, прежде чем призывать чернь на борьбу с еретиками. Хотя подавляющее большинство погибших составляли гугеноты, досталось и католикам, поскольку вовсю орудовали взломщики, воры и банальные грабители, для которых деньги не имеют ни запаха, ни религиозной принадлежности. Не случайно первыми подверглись нападению дома наиболее богатых горожан, в которых было чем поживиться. Повезло тем, кого просто убили ударом шпаги или кинжала, кто не умер мучительной смертью и чье безжизненное тело не подверглось поруганию. С каким чувством позднее входили в храм те, кто ради (искренней или показной) приверженности истинной вере разбивал головы стариков о камень мостовой или забавы ради таскал по улицам младенцев в пеленках, накинув им на шею петлю? Неужели Бог простил их?