Подвоз строительных материалов проводился крайне медленно. К 25 августа в Красноводск прибыло 1356 рельсов и 6000 шпал и 2 паровоза. Описывая этот процесс, Ф. Ф. Врангель в его книге «Вице-адмирал Степан Осипович Макаров» писал: «Шпалы подвозились с Волги, рельсы из Унген, а подвижной состав с Коломенского и Брянского заводов. Так как вес всего железнодорожного груза, как-то: шпал, рельсов, вагонов, локомотивов и т. п. доходил до 2,5 миллиона пудов и подвозился на пароходах общества «Кавказ и Меркурий», обладающего сравнительно небольшими средствами, то первое время работы шли очень медленно и часто за недостатком материалов приходилось распускать рабочих до обеда».
Скобелев постоянно «тормошил» Петербург письмами, требуя ускорить прибытие строительных материалов и оборудования, необходимых для строительства железной дороги. Благодаря его настойчивости в сентябре из правительственных запасов на строительство железной дороги были отправлены 21 паровоз, 275 крытых товарных вагонов, 225 платформ и рельсов на 207 верст. Кроме того, по распоряжению Главного штаба было закуплено 72 000 пудов скреплений и 50 комплектов стрелочных «приборов».
Скобелев добился ускорения перевозок. Грузы для строительства участка ширококолейной железной дороги от Моллакары до Кизыл-Арвата начали прибывать в Астрахань с 1 октября. Только в течение месяца поступило 87 000 пудов рельсов с соответствующим количеством скреплений, 15 паровозов, 275 товарных вагонов и 225 платформ. Для доставки этих грузов к месту строительства, как пишет С. О. Макаров, «было нанято до ста шхун, поднимающих от 10 до 30 тысяч пудов грузов». Прибывавшие в Красноводск грузы немедленно перегружались на каботажные баржи и отправлялись в Михайловский пост. Работы велись непрерывно днем и ночью. Для освещения ночных работ из Санкт-Петербурга были доставлены динамо-машины и электрические фонари системы Яблочкова.
Строительство железной дороги шло полным ходом. К 4 октября, за шесть недель, было уложено 22,5 версты пути и железная дорога дошла до Моллакары. В тот же день из Михайловского залива в Моллакару был отправлен «первый интендантский поезд с девятью вагонами, нагруженными провиантом». К 1 ноября узкоколейная дорога дошла до Балла-Ишема, а к 1 января 1881 года туда была проложена ширококолейная дорога. С 30 января ширококолейная дорога эксплуатировалась уже на протяжении 83 верст, от Михайловского залива до колодцев Айдин, а оттуда на 37 верст до станции Ахча-Куйма шла узкоколейная дорога. Далее все грузы перевозились на верблюжьих караванах.
Строительство Закаспийской железной дороги с целью материального обеспечения операции по овладению Ахал-Теке, безусловно, нужно расценивать как большую заслугу М. Д. Скобелева, решившего таким образом одну из сложнейших задач для того времени. Это был принципиально новый подход, который потребовал от Михаила Дмитриевича не только нестандартного мышления, но и постоянной борьбы с различными оппонентами, которые считали, что расходы на строительство железной дороги себя не оправдают. Говоря об этой дороге, даже личный друг и бессменный начальник штаба Скобелева, участник ахалтекинской экспедиции, А. Н. Куропаткин, писал: «По отношению собственно экспедиции эта дорога принесла только вред, ибо оттянула на себя массу перевозочных средств по Каспийскому морю, массу верблюдов, потребовала 1000 лошадей и корм для них…». Тем не менее железная дорога была построена, и операция, проведенная Скобелевым, прошла успешно.
Управление Закаспийским краем
После успешного штурма крепости Геок-Тепе она была отдана М. Д. Скобелевым на четыре дня «в пользование войск», то есть на разграбление. При этом в отношении трофеев им были установлены следующие правила, которые были отражены в особом приказе по Закаспийскому краю, в частности, в приказе № 77 от 3 июня 1888 года. В нем было сказано:
Отбитые у неприятеля верблюды, бараны и рогатый скот составляют военную добычу, которая распределяется приказом по войскам.
Вообще вся добыча, состоящая из кибиток, хлеба, дров и предметов, которые генерал Скобелев признает полезными для службы, считается казенным имуществом.
Лошади составляют собственность отбившего.
Кроме того, в кибитках и землянках, расположенных на территории крепости, было найдено большое количество «всякой домашней рухляди», в числе которой значились ковры, паласы, ткацкие станки, запасы шерсти, наборы посуды, женские украшения из серебра и полудрагоценных камней. Общая стоимость добычи, захваченной русскими войсками, оценивалась в шесть миллионов рублей. Вся она досталась воинам.
Европейцы видели в этом решении Скобелева лишь проявление ненужной жестокости. В частности, врач экспедиции Гейфельдер выразил свое «несогласие» с варварскими решениями Михаила Дмитриевича. Он заявил об этом Скобелеву, на что тот ответил: