Поняв это, Кауфман поручил Скобелеву обойти крепость с фланга. Еще один отряд был направлен хивинцам в тыл. С фронта русские открыли по крепости артиллерийский огонь. Таким образом, штурм начался одновременно с трех сторон.
Поняв безнадежность сопротивления, кокандцы начали покидать крепость, но попали под удары конницы Скобелева. Вспыхнул кровавый бой. Под Скобелевым была убита лошадь, сам он был ранен шашкой в колено. Бой перерос в погоню, которая продолжалась несколько верст, до тех пор, пока казаки не наткнулись на другой большой отряд кокандцев, спешивших на подмогу крепости. Из преследователей они сами превратились в преследуемых. Но Скобелев смог не допустить паники и обеспечить организованный отход своего отряда.
Кауфман настолько был в восторге от действий Скобелева в этом бою, что, сняв с себя Георгиевский крест 3-й степени, надел его на Скобелева. С той минуты они стали друзьями до конца своей жизни.
Колпаковский, узнав о начале движения отряда Скобелева, также устремился к Коканду с войсками, но опоздал. Наманганский отряд без боя занял город, пленив его правителя и захватив 73 орудия. В пути следования Колпаковский получил письмо Скобелева следующего содержания: «Депешу Вашу от 4 апреля получил 7, к сожалению, уже в 16 верстах от Коканда, когда узнал, что хан выезжает ко мне навстречу. Свидание произошло в кишлаке Ак-Мулла. Бывший хан, пораженный нашим неожиданным появлением, повиновался объявленной ему воле Государя, – писал Михаил Дмитриевич, а далее, уже с явной издевкой добавлял: – Окончательное усмирение ханства произойдет лишь тогда, когда Ваше превосходительство – высший представитель русской власти в Средней Азии, прибудет в Коканд».
Колпаковкий, обидевшись на удачливого соперника, решил лишить его и подчиненных заслуженных наград за успешно проведенное дело. Однако Кауфман грудью встал на защиту своего любимца. «Молодецкие дела генерала Скобелева, всего наманганского отряда и пособников генерала Скобелева составляют мою гордость и дают им всем право на горячее ходатайство о награждении отличившихся», – писал он Колпаковскому. Тому не оставалось ничего другого, как подчиниться воле начальника и, уступив славу победителю Скобелеву, довольствоваться торжественной встречей, которая была ему организована Михаилом Дмитриевичем при въезде в Коканд 15 февраля. Сам Скобелев за эту победу был пожалован Золотой саблей с надписью «За храбрость».
Борьба продолжалась. Остатки кокандских войск собрались на востоке ханства у Маргелана и Оша, где вскоре получили подкрепление, оружие и боеприпасы. Они стали угрожать русским территориям и отрядам, подвергая их время от времени опустошительным набегам.
Кауфман, вернувшись из Петербурга, послал против кокандцев войска. 7 сентября русские отряды подошли к Маргелану, и жители открыли перед ними ворота. Азиатские воины, не сумев организовать сражение, разбежались по окрестности, преследуемые конницей Скобелева.
После этой неудачи Коканд уступил России земли по правому берегу реки Нарым, которые образовали новый Наманганский округ. Однако, едва русские войска покинули пределы ханства, как оно было охвачено восстанием. Вожди кокандцев Пулат-хан и Абдурахман провозгласили «газават» – священную войну против иноверцев, и под его лозунги за несколько дней собрали под зеленые знамена ислама около 70 тысяч воинов. Намерения кокандцев были совершенно очевидные.
Кауфман решил упредить противника в нанесении удара. Он организовал экспедицию, поручив командование генералу В. Н. Троицкому. 1 октября русские войска в результате ожесточенного штурма овладели крепостью Андижан, уничтожив при этом около четырех тысяч вражеских солдат. Русские войска потеряли 8 человек убитыми, 38 ранеными и 18 контуженными.
В декабре того же года в Коканде вновь вспыхнуло восстание. Подавление его было поручено начальнику Наманганского округа недавно произведенному в генерал-майоры М. Д. Скобелеву. Михаил Дмитриевич сразу же устремился на отряды Пулат-хана, засевшие в Маргелане. Но на полпути к цели становится известно, что в тылу русских войск, как это было неоднократно и ранее, восстал Наманган. Скобелев принимает решение вернуться и наказать непокорных.
27 октября, после непродолжительного сопротивления, Наманган был взят штурмом, а затем сожжен. Его защитники потеряли почти 4 тысячи человек. Потери отряда Скобелева составили 6 человек убитыми, 32 ранеными.
Закончив с этим делом, Скобелев с отрядом в 2800 человек вновь пошел на Пулат-хана. 31 декабря в сражении на Балыкчанских завалах он разгромил 20-тысячное кокандское войско.