Правда, из-за интриг двора вскоре после этого генерал Черняев был отозван из Средней Азии и отправлен в отставку. Обиженный, он в знак протеста выдержал экзамен на нотариуса в одну из петербургских контор, и в течение полугода он исправно ходил на службу с орденом Святого Георгия 3-й степени на шее. Александр II, узнав об этом, распорядился немедленно вернуть его на военную службу в прежнем чине, но в Среднюю Азию больше не посылать. Так печально закончилась боевая деятельность одного из самых активных военачальников русской армии во время ее действий в Средней Азии.
А между тем война в Средней Азии продолжала набирать силу, вовлекая в свой круговорот все большее число противников России. Весной 1866 года бухарский эмир, решив овладеть Ташкентом, двинул туда 43-тысячное войско. Русские вышли навстречу врагу, имея всего 3 тысячи человек личного состава и 20 орудий. Встреча произошла 8 мая при селении Ирджар, и противник артиллерийским огнем был рассеян. После этого русские войска 24 мая заняли Ходжент, 20 июля взяли приступом Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным штурмом овладели крепостью Джизак. Потеряв последнюю, бухарцы отступили к Самарканду и начали переговоры о мире, которые продолжались весь 1867 год. За это время русское правительство осуществило административное переустройство новых земель. 14 июля высочайшим указом был образован Туркестанский военный округ, командующим которым был назначен генерал-лейтенант К. П. Кауфман. Это был боевой генерал, который более двадцати лет прослужил на Кавказе и за боевые отличия был награжден многими орденами, в том числе орденом Святого Георгия 4-й степени.
В конце апреля 1868 года, по приказу Кауфмана отряд из четырех тысяч человек при 10 орудиях начал наступление на Самарканд. Бухарский эмир противопоставил ему 60-тысячное войско. Но русские в очередной раз артиллерийским огнем обратили азиатов в бегство. Значительная часть бухарцев устремилась к Самарканду, но население города захлопнуло перед ними ворота. А спустя несколько часов они гостеприимно распахнули их перед русскими, которые без боя овладели одной из сильнейших крепостей края.
Оставив в Самарканде небольшой гарнизон, Кауфман с главными силами устремился на юг. 18 мая он разгромил бухарцев при Ката-Кургане, а 2 июня в ожесточенном сражении на Зарабулакских высотах окончательно добил армию бухарского эмира. В последнем сражении русские войска впервые массово применили новые игольчатые винтовки системы Карле против противника, действовавшего плотными массами. В результате этого азиаты из 35 тысяч человек, участвовавших в сражении, потеряли 10 тысяч убитыми и ранеными. Потери русского отряда составили всего 63 человека. Эмир, потрясенный серией военных неудач, запросил пощады. Он признал над собой протекторат России и уступил ей Самарканд и все прилегавшие к нему обширные земли.
Порадоваться этой победе Кауфману не довелось. В день зарабулакской победы пришло известие, что в тылу русских войск восстал Самарканд, в который тайком вошли отряды горцев-шахрисябцев. Пятидесятитысячный отряд повстанцев атаковал самаркандскую цитадель, в которой укрылось 700 русских во главе с майором Штемпелем. Неравный бой продолжался шесть дней, а на седьмой горсточка храбрецов была деблокирована подоспевшими на помощь русскими частями. Среди защитников самаркандской цитадели был и известный русский художник-баталист Василий Васильевич Верещагин, награжденный в числе трех наиболее отличившихся героев орденом Святого Георгия 4-й степени. Узнав о приближении свежих сил, шахрисябцы, бросив самаркандцев, скрылись в горах.
Когда в начале 1869 года представитель Генерального штаба штаб-ротмистр М. Д. Скобелев прибыл в Ташкент, его лично принял генерал К. П. Кауфман и дал первые напутствия в отношении службы в Средней Азии. Затем, по существовавшей в то время традиции, он пригласил столичного гостя на ужин, на котором присутствовали все высшие офицеры Ташкентского гарнизона, а также несколько гражданских чиновников. Именно тогда Михаил Дмитриевич впервые познакомился с В. В. Верещагиным, завязав с ним дружбу на долгие годы.
Вначале Скобелев состоял при штабе округа. Он выполнял отдельные поручения командующего, изучал местные способы ведения боя. Иногда во главе небольшого отряда казаков он выезжал в разведку и несколько раз даже участвовал в стычках с мелкими отрядами противника.
И тут произошел случай, который заставил Скобелева уехать из Туркестана. Об этом оставил воспоминания В. В. Верещагин в своей книге «Михаил Дмитриевич Скобелев. Воспоминания о Русско-турецкой войне 1877–1878 гг.».