От своего брата, жившего в Москве, Мария Дмитриевна получила доверенность на управление принадлежавшим ему небольшим стекольным заводом, и семья Менделеевых переехала в место его нахождения — в село Аремзянское в 25 км от Тобольска. Здесь Митя и провел дошкольные годы. Рос он на лоне природы, не зная стеснений, играл со сверстниками, детьми местных крестьян, по вечерам слушал сказки няни о сибирской старине и рассказы старого солдата, доживавшего у них свой век, о героических походах А. В. Суворова.
В 7-летнем возрасте Митя поступил в гимназию. В доме Менделеевых тогда бывало много интересных людей. Учителем Дмитрия был сам П. П. Ершов, автор знаменитого «Конька-Горбунка», школьным товарищем — сын Анненковых Владимир, большим другом дома считался декабрист Н. В. Басаргин… Братья и сестры Менделеева подрастали и разъезжались из родного дома. Ко времени окончания Митей гимназии скончался отец, сгорел в Аремзянском стекольный завод. Уже ничто не удерживало Марию Дмитриевну в Тобольске. На свой страх и риск она решила отправиться в Москву, чтобы сын мог продолжить образование.
Так в 1849 г. Менделеев оказался в Москве в доме брата матери В. Д. Корнильева. Хлопоты о поступлении в Московский университет не увенчались успехом, поскольку выпускники Тобольской гимназии могли учиться лишь в Казанском университете. На следующий год, после неудачной попытки поступить в Петербурге в Медико-хирургическую академию, Дмитрий, благодаря ходатайству одного из друзей его отца, преподававшего в Главном педагогическом институте, был зачислен туда на естественно-математический факультет на казенное обеспечение. Его педагогами стали известнейшие ученые того времени — А. А. Воскресенский (химия), М. В. Остроградский (высшая математика), Э. X. Ленц (физика).
Учеба Дмитрию вначале давалась нелегко. На первом курсе он умудрился по всем предметам, кроме математики, получить неудовлетворительные оценки. Но на старших курсах дело пошло по-другому — среднегодовой балл Менделеева был равен четырем с половиной (из пяти возможных). Он окончил институт в 1855 г. с золотой медалью и мог остаться в нем преподавателем, однако состояние здоровья заставило его уехать на юг — врачи подозревали у Дмитрия туберкулез, от которого умерли две его сестры и отец.
В августе 1855 г. Менделеев приехал в Симферополь, но занятия в местной гимназии были прекращены в связи с продолжавшейся Крымской войной. Осенью того же года он переехал в Одессу и преподавал в гимназии при Ришельевском лицее, а в следующем году — вернулся в Петербург, сдал магистерские экзамены, защитил диссертацию «Удельные объемы» и получил право читать лекции по органической химии в университете. В январе 1857 г. Дмитрий Иванович был утвержден приват-доцентом Санкт-Петербургского университета.
Следующие несколько лет прошли в научных командировках за границей (Париж, Гейдельберг, Карлсруэ), где приват-доцент Менделеев встречался с иностранными коллегами, участвовал в первом Международном съезде химиков. В эти годы он занимался исследованиями в области капиллярных явлений и расширения жидкостей, и одним из результатов его работы стало открытие температуры абсолютного кипения. Вернувшись из-за границы в 1861 г., 27-летний ученый за три месяца написал учебник «Органическая химия», который, по оценке К. А. Тимирязева, был «превосходнейшим по ясности и простоте изложения, не имеющим себе подобного в европейской литературе».
Однако это были трудные времена для Менделеева, когда, как он писал в дневнике, «пальто и сапоги шиты в долг, всегда хочется есть». Видимо, под давлением обстоятельств он возобновил знакомство с Феозвой Никитичной Лещевой, с которой был дружен еще в Тобольске, и в апреле 1862 г. женился. Падчерица знаменитого П. П. Ершова, Физа (как ее звали в семье), была старше мужа на шесть лет. По характеру, склонностям, интересам она не составила своему супругу гармоничной пары. Словно предчувствуя это, молодой ученый, перед тем как идти под венец, предпринимал попытку отказаться от суженой, но его старшая сестра Ольга Ивановна, жена декабриста Н. В. Басаргина, имевшая на него большое влияние, решила пристыдить брата. Она написала ему: «Вспомни еще, что великий Гете говорил: “Нет больше греха, как обмануть девушку”. Ты помолвлен, объявлен женихом, в каком положении будет она, если ты теперь откажешь?»
Менделеев уступил сестре, и эта уступка повлекла за собой затянувшиеся на много лет и мучительные для обоих супругов отношения. Конечно, выяснилось это не сразу, и после венчания молодожены в самом радужном настроении отправились в свадебное путешествие по Европе.