Хотя еще в 1806 году войска были расписаны по дивизиям, этот вид управления окончательно закрепился в 1810 году. При этом кавалерия была выделена из состава общевойсковых дивизий, и на ее основе сформированы кавалерийские дивизии, состоящие из бригад — по два полка в каждой бригаде. Важным следствием не особенно удачных действий русской кавалерии в прошедших войнах стало преобразование почти половины драгунских полков, принадлежавших к тяжелой кавалерии, в легкие (гусарские и уланские) полки. Тогда же были организованы конно-егерские полки, сочетавшие преимущества легкой кавалерии и точность стрельбы пеших егерей. Обычно кавалерийское соединение состояло из четырех драгунских и двух гусарских или уланских полков. Тяжелая кавалерия — кирасиры — составляла отдельные дивизии. Как и у французов, самым крупным войсковым соединением в русской армии стали корпуса, которые состояли из двух-трех пехотных дивизий, а также одного-двух кавалерийских дивизий и нескольких полков тяжелой кавалерии38. Были введены и другие важные новшества, изменившие армию: с 1809 года было принято отдание чести, учреждены награды для целых частей — георгиевские знамена, серебряные трубы, знаки на шапках. Провинившиеся части, как это было с бежавшим под Аустерлицем Новгородским полком, лишались знамен, знаков отличия и пр.
Багратион возглавил Подольскую армию в то время, когда интенсивно перестраивалась система организации войск на армейском уровне. К 1812 году было образовано четыре армии. Одна из них существовала и раньше и воевала в низовьях Дуная — это известная читателям Дунайская (Молдавская) армия. Но главной, основной стала 1-я Западная армия, сформированная из тех войск, что достойно, но без славы, вышли из Восточной Пруссии в 1807 году. Ее преобразование началось в 1810 году, армия называлась попеременно Северной, Двинской, просто 1-й — и наконец в начале 1812 года получила окончательное наименование 1-й Западной. Ее численность достигала 120 тысяч человек. На время войны в ее ряды вливался и образованный тогда же гвардейский корпус (5-й). С 19 марта 1812 года 1-й армией командовал военный министр генерал от инфантерии Михаил Богданович Барклай де Толли, который, оставив свой министерский кабинет в Петербурге, прибыл 30 марта в Вильно, где располагалась Главная квартира армии39. Вскоре туда же приехал и государь. Местом дислокации армии стали Виленская и Гродненская губернии, то есть наиболее важное стратегическое направление.
Армия Багратиона также прошла свою перестройку, меняя названия, непрерывно пополняясь новыми полками и одновременно меняя места своей дислокации. Она называлась Подольской, Южной, 2-й, Западной, пока в 1812 году не стала окончательно 2-й Западной армией. Ее составили дивизии Молдавской армии, которые вывели из Молдавии и Валахии ближе к Киеву и Житомиру, а потом пополнили другими полками, подошедшими из России. С февраля 1810 года 2-й армией командовал генерал Д. С. Дохтуров, которого и сменил в августе 1811 года князь Багратион. За последние полгода перед войной армия дважды меняла места своей дислокации, смещаясь на северо-запад. В этом перемещении от Житомира к Белостоку и Гродно был заложен свой смысл. Изначально 2-я Западная армия предназначалась для вспомогательных действий в помощь 1-й армии, шла ли речь о наступлении на Польшу или об отступлении вглубь России. С этой целью и проходило ее перемещение из Житомира сначала в Луцк, потом в Пружаны (после 19 мая40), а затем в Волковыск, то есть поближе к 1-й армии. По этой же причине ей не давали сильно увеличиваться. Наоборот, когда произошло увеличение 2-й армии за счет резервов, от нее отделили четыре корпуса, и в Мае 1812 года на их основе образовали новую армию. Она была названа 3-й Резервной Обсервационной армией и располагалась южнее 2-й Западной, прикрывая Киев. Ее главная цель — наблюдать за действиями ставшей враждебной России Австрии, с тем чтобы не допустить вторжения австрийских войск в русские пределы. По идее военного руководства, эта армия (около 50 тысяч человек), которой командовал генерал от кавалерии А. П. Тормасов, представляла собой резерв 2-й армии и должна была с началом военных действий помогать ей, наносить ущерб противнику, который вздумал бы ударить в ее тыл. В конечном счете идея разделения армий оказалась неплодотворной, в момент высочайшего напряжения борьбы за Москву армия Тормасова оказалась фактически выключена из военных действий, защищая дальние юго-западные пределы империи, в то время как враг ворвался в самое ее сердце.