В училище на него обратили внимание сотрудники СМЕРШ. Образованный, с боевым опытом, старший сержант Абрамов не мог не попасть в поле зрения кадровиков органов безопасности, испытывающих дефицит в кадрах. Особо кадровиков привлекло знание Федором Алексеевичем иностранных языков. В «Анкете специального назначения работника НКВД», в графе: «Какие знаете иностранные языки», молодой кандидат на службу написал: «Читаю, пишу, говорю недостаточно свободно по-немецки. Читаю и пишу по-польски».
17 апреля 1943 года Абрамов был зачислен в штат отдела контрразведки Архангельского военного округа на должность помощника уполномоченного резерва. Однако уже в августе он становится следователем, а через год с небольшим – старшим следователем следственного отдела. Правда, вначале служба Федора Александровича началась не слишком гладко. Как-то раз, в одном из разговоров с сослуживцами, он высказал мысль о том, что не видит смысла в конспектировании приказов Сталина, поскольку это отнимает много времени и сил. Кто-то из бдительных сослуживцев усмотрел в этом высказывании крамолу и доложил начальству. Грянуло служебное разбирательство, которое окончилось тем, что вольнодумец написал объяснение, удовлетворившее даже самых бдительных товарищей.
«…приказ тов. Сталина является квинтэссенцией мысли, каждое предложение, каждое слово его заключает в себе столь много смысла, что в силу этого необходимость конспектирования приказа в принятом значении сама собой отпадает.
Я сказал далее, что приказ тов. Сталина представляет собой совокупность тезисов, дающих ключ к пониманию основных моментов текущей политики, и что каждый тезис может быть разработан в авторитетную публицистическую статью. В том же разговоре я обратил внимание на изумительную логику сталинских трудов вообще, что не всегда можно найти в речах Черчилля и Рузвельта, на сталинский язык, обладающий всеми качествами языка народного», – написал в объяснительной Федор Абрамов.
Дело о его политических сомнениях и незрелости дальнейшего развития не получило, и начинающий контрразведчик спокойно приступил к выполнению своих прямых обязанностей.
Борьба с разведкой и диверсантами противника на территории Архангельского военного округа была главной задачей контрразведчиков, среди которых был и Федор Абрамов. Контрразведывательное обеспечение велось в Архангельской, Вологодской, Мурманской областях, Карельской и Коми автономных республиках, где активность разведок противника была чрезвычайно высока. Так, осенью 1943 года в Вологодской и Архангельских областях на парашютах было выброшено 27 разведывательных и диверсионных групп. Как удалось выяснить С. П. Кононову, следователь СМЕРШ Абрамов из указанного количества разведгрупп противника принимал участие в производстве следствия по восьми группам. С осени 1943 года постоянным местом его командировок становится Вологодская область.
Опыт, накопленный за год работы по разоблачению немецких агентов, образование, полученное в университете, знание психологии, военный опыт, позволяющий разговаривать как фронтовик с фронтовиком, как пишет С. П. Кононов, сделали из Федора Абрамова хорошего специалиста-контрразведчика. Ему поручили участвовать в одной из радиоигр с немецкой разведкой с территории Вологодской области.
Игра получила название «Подрывники» и вошла в золотой фонд операций против немецкой разведки во время Великой Отечественной войны. Органы НКВД Вологодской области совместно со СМЕРШем Архангельского военного округа создали легенду, что на территории Сямженского и Вожегодского районов существует многочисленная группа недовольных советской властью переселенцев с Западной Украины, готовых начать повстанческое движение. Нужна помощь от немцев. Немецкая разведка клюнула на это и осенью 1943 года выбросила группу разведчиков под руководством Григория Аулина у разъезда Ноябрьский. Целью ее выброски было начать организацию этого самого повстанческого движения и проведение диверсий на железных дорогах.
Группа была задержана контрразведкой и включена в радиоигру «Подрывники». Немецкое командование в результате умелой дезинформации советской контрразведки поверило в возможность работы в глубоком тылу русских и 1 ноября 1943 года выбросило десант диверсантов из 14 человек для соединения с Аулиным. Несмотря на трудности, все члены группы были задержаны, старший немецкой группы Мартынов был ранен и застрелился из нагана, так как сдаваться не хотел.
Через десять дней «на Аулина» немцы в Харовском районе выбросили еще троих диверсантов и 14 грузовых парашютов с оружием, взрывчаткой, деньгами и обмундированием. Старший группы Федор Сергеев сразу же согласился работать на нашу контрразведку, и его рацию включили в новую игру. Этой игре дали название «Подголосок» и назначили ее руководителем Федора Абрамова.