Десять дней спустя Вернер и Элизабет условились о помолвке, а спустя три месяца поженились. У них было семеро детей – три сына и четыре дочери. Первые их воспоминания об отце относятся к 1946 году. До этого они не помнили чего-то интересного об ученом, который большую часть времени отсутствовал.
Дети упоминают три стороны личности отца, связанные с работой, природой и музыкой. В будние дни во время семейных ужинов Гейзенберг практически всегда молчал. Дети знали, что их отец – великий ученый, и думали, что он размышляет о важных делах, далеких от повседневной жизни. Гейзенберг редко вмешивался в домашние хлопоты, которыми занималась жена. Однако в выходные дни он преображался. Семейные вылазки на природу в окрестностях Гёттингена стали традицией. Гейзенберг организовывал для детей игры и словно вновь переживал прогулки с группой юных скаутов. Ученый редко предавался воспоминаниям, но часто и с особым воодушевлением рассказывал о своем участии в скаутском движении и среди немногих советов, данных детям, особенно настаивал на двух: они должны были вступить в какую-нибудь группу бойскаутов, чтобы изучать природу, а также заниматься музыкой. Музыка была настоящей страстью Гейзенберга, и музыкальным вечерам в его семье всегда придавалось большое значение.
В первые годы после свадьбы жена часто пела песни, а Гейзенберг аккомпанировал ей на пианино. Когда две старшие дочери выучились играть на музыкальных инструментах, они вместе с отцом исполняли трио для фортепиано, скрипки и виолончели. Музыка стала для семейства частью обычной жизни: они репетировали на разных инструментах, пели соло и в семейном хоре. Одна из дочерей вспоминала, что в детстве всегда засыпала под звуки гамм и упражнений, которые исполнял на пианино отец.
Музыка была для ученого способом прикоснуться к непознаваемому. Так, в 1924 году он писал родителям из Копенгагена: