Ученые, как могли, выражали протест режиму. Макс Планк и Макс фон Лауэ, используя весь свой авторитет, пытались не допустить того, чтобы немецкая наука попала под влияние политики. Планк в свои 75 лет добился приема у Гитлера, чтобы рассказать лидеру нации об огромном ущербе, который был нанесен немецким университетам из-за антисемитизма, однако в ответ услышал лишь о том, что и сам он может разделить судьбу своих протеже и попасть в концентрационный лагерь. Гейзенберг, в котором Планк видел будущее немецкой физики, никогда не выступал против нацистского режима в открытую, однако присоединился к этим двум видным ученым, чтобы защитить немецкую науку от нападок нацистов.
В ноябре 1933 года члены Лиги преподавателей подписали письмо в поддержку решения правительства Германии выйти из Лиги Наций. Гейзенберг отказался ставить свою подпись, и глава Лиги преподавателей, которым был не кто иной, как Йоханнес Штарк, попытался настроить против ученого студентов. Впрочем, эти усилия были напрасными. Несколько месяцев спустя Штарк предложил, чтобы все немецкие лауреаты Нобелевской премии отправили Гитлеру телеграмму со словами поддержки. Планк, Лауэ, Нернст и Гейзенберг отказались, мотивируя свое решение тем, что даже если бы они лично были согласны с текстом телеграммы, ученым не следует высказывать мнение о политических вопросах. Штарк с негодованием ответил, что они уже занимались политикой, когда преподавали теорию относительности и говорили об Эйнштейне.
В 1935 году в рядах государственных служащих прошла вторая чистка. Многие лейпцигские профессора, в числе которых был и Гейзенберг, выразили на ученом совете несогласие, за что получили строгий выговор. Ректор университета попытался убедить Гейзенберга записаться в резерв немецкой армии, чтобы доказать свою верность режиму, что тот и сделал несколько месяцев спустя. Гейзенберг считал уход из университета единственной политической и моральной альтернативой и решил посоветоваться с Планком. Как рассказывал физик много лет спустя, Планк считал, что отставка, не имеющая никакого практического воздействия, не станет решением. Он говорил: «Теперь все мы должны смотреть в будущее». Следовало поступить так же, как и во время Первой мировой войны: отделить немецкую культуру от политической конъюнктуры, провести различие между словами и истинными намерениями и сохранить свои посты. Гейзенберг сделал вывод: нужно терпеть, пока не случится худшее, и формировать в неблагоприятной политической среде островки стабильности, где можно сохранить отстаиваемые ценности.