«Братья-мусульмане» не могли дать «мусульманского» ответа на проблемы, волнующие египетское общество. Они ориентировались на самые отсталые группы населения, которые легко воспламенялись с помощью религиозных лозунгов. Замышляя заговор против революции, «братья-мусульмане», к примеру, призывали убить великую арабскую певицу Умм Кульсум, разрушить и сжечь кинотеатры, Каирский оперный театр.
В январе 1953 года Совет руководства революцией объявил о роспуске всех политических партий и о конфискации их фондов. 10 февраля была обнародована временная конституция, согласно которой верховная власть передавалась членам Совета руководства революцией еще на три года.
18 июня 1953 года самое древнее в мире монархическое государство стало самой юной республикой. Ее первым президентом и премьер-министром стал генерал Нагиб, а Насер — его заместителем. Масса статей, появившихся в то время в западной печати о генерале Нагибе, свидетельствует о том, что многие за рубежом хотели, чтобы этот мягкий, холеный офицер с неизменным «Данхиллом» во рту руководил страной. Его именовали «египетским Кромвелем», им восхищались. Никто по-прежнему не обращал внимания на Насера.
Генерал Нагиб, по-видимому, считал, что его настоящая роль — быть вождем нации. Как кадровый офицер с большим стажем, он, несмотря на свойственный ему либерализм, не привык к тому, чтобы его приказания подвергались обсуждению. Ведь он же избран президентом. Он не хотел более слушать «назойливые советы».
Отношения между Нагибом и Насером накалялись. Их разногласия усугублялись политической борьбой, происходившей в стране.
Генерал Нагиб стал критиковать Совет руководства революцией в разговорах с политическими деятелями и иностранными дипломатами. В совете его не поддерживали.
К тому же «братья-мусульмане» устроили студенческую демонстрацию, во время которой возникли беспорядки Насер воспользовался этим и, не посоветовавшись с Нагибом, арестовал некоторых «братьев». Генерал Нагиб заявил, что он подает в отставку.
Этот шаг был хорошо рассчитан. После длительных и трудных переговоров египтяне наконец заключили соглашение с Англией о Судане. Бывший англо-египетский Судан получал право присоединиться к Египту или стать независимым. Намечавшийся визит Нагиба в Судан должен был закрепить результаты переговоров. К нему в Судане относились с большим уважением, так как его мать была суданкой. Ссора Насера с генералом Нагибом ставила Совет руководства революцией в трудное положение. И все-таки отставку Нагиба приняли. Теперь он стал пленником в собственном доме, окруженном армейской охраной. Но сторонники запрещенных политических партий считали генерала Нагиба единственной личностью, которая могла бы гарантировать им участие в общественной жизни страны. Они повели против Насера работу в армии. Вскоре некоторые воинские части потребовали восстановления Нагиба на посту президента и назначения Халида Мохиеддина премьер-министром.
Насеру пришлось согласиться. В этот момент ему казалось, что все, о чем он мечтал и что делал для Египта, было в один миг разрушено. Однако в конце концов подавляющее большинство офицеров поддержало Насера Нагиб благодаря своей популярности все же вновь занял пост президента, а Халид Мохиеддин был назначен послом Египта в Швейцарии Насер жалел, что ему пришлось поступить подобным образом. Он до сих пор ценил Халида Насер не сомневался рано или поздно Халид поймет, что переоценил генерала Нагиба. Через несколько лет старая дружба взяла верх. Мохиеддин вернулся на родину. В 1964 году он был избран в египетский парламент — Национальную ассамблею.
Насер стал теперь премьер-министром. На многолюдном митинге на площади Республики генерал Нагиб объявил, что гроза прошла, как «летнее облако», и что вскоре состоятся выборы в парламент. Но противоречия между египетскими лидерами так и не были урегулированы.
Насер старался доказать, что он признает авторитет Нагиба: 9 марта 1954 года он предложил ему занять посты премьер-министра и председателя Совета руководства революцией. Одновременно Насер упразднил цензуру. Каирские газеты тотчас потребовали восстановления политических свобод. Насер не остановился на полпути. 25 марта Совет руководства революцией принял выдвинутую им резолюцию о разрешении деятельности политических партий. Делая этот шаг, Насер хотел показать армии логические последствия политики Нагиба, в результате которой снова активизировались «вафдисты» и «братья-мусульмане».
На этот раз армия решительно выступила в поддержку Насера. «Свободные офицеры» организовали демонстрацию, протестуя против участия в общественной жизни страны потерявших доверие политиканов. Каир потрясла всеобщая забастовка. 17 апреля Нагиб отступил. Насер снова стал премьер-министром, и Совет руководства революцией вступил в новую фазу своей деятельности. Нагиб уже не имел реальной власти, хотя в течение некоторого времени оставался президентом.
Враги революционного режима ушли в подполье.