По приказу Фрунзе был сформирован «летучий корпус», в который входило несколько отрядов. Преследовать Махно приходилось в невероятно тяжелых условиях. Был февраль 1921 года. Плохо обмундированные части шли через голодный .край, опустошенный гражданской войной, под дождем и снегом, в метели, по размытым дорогам.
Под Недригайловым, после долгого и мучительного перехода, красные бойцы настигли одну из банд Махно. Конные махновцы дрались с редким остервенением, но все же были разбиты. Взятые в плен махновцы рассказывали в штабе:
— Никогда не было, чтобы против нас так дралась пехота, которая бьет наших и дуром лезет вперед, нисколько не боясь шашки скачущего конника... Это какая-то черная танка...
— Почему «черная танка»?
Махновец указал на бойцов, у которых на голове были черные каракулевые шапки — подарок Московского совета.
«Летучий корпус» продолжал преследование. Командование доносило Фрунзе, что пехота сильно переутомлена большими переходами и ежедневными боями. Средняя величина переходов достигала восьмидесяти верст, средняя продолжительность отдыха в сутки равнялась трем-четырем часам. Командование доносило о голоде — в частях иногда по три-четыре дня бойцы не получали горячей пищи.
Забота о положении бойцов была у Михаила Васильевича одной из первых. Фрунзе выехал в расположение частей ознакомиться с их состоянием. Одновременно было отдано распоряжение о подготовке смены.
Фрунзе прибыл на станцию Решетиловку (около Полтавы) и выехал в сопровождении ад’ютанта и двух ординарцев в село Решетиловку. Туда должна была притти одна из красных частей, и в ожидании ее Михаил Васильевич беседовал с крестьянами. Вдали, по дороге, в вечерней полумгле двигалась колонна. Не дойдя до села, отряд остановился. Фрунзе выехал навстречу и крикнул:
— Выйдите кто-нибудь вперед и доложите!
Ответа не последовало.
Ординарец Фрунзе пришпорил коня и, подскакав к неизвестному отряду, крикнул:
— Командующий войсками товарищ Фрунзе приказывает...
Раздались выстрелы. Ординарец свалился мертвым. Стоявшая впереди часть оказалась шайкой махновцев. Узнав, что перед ними Фрунзе, бандиты бросились к нему.
Михаил Васильевич крикнул своим спутникам:
— Мчитесь в разные стороны! — и повернул в поле.
Махновцы бросились в погоню. Над головой Фрунзе завизжали пули. Неожиданно стала сдавать лошадь — она была легко ранена. Михаил Васильевич обернулся и выстрелом из карабина свалил одного махновца. Но их было много. Фрунзе спешился и открыл огонь по преследователям. Еще два махновца были сбиты... Фрунзе снова вскочил на лошадь, и она из последних сил понесла всадника. Одна из вражеских пуль все же настигла его — он был ранен в бок навылет.
Уйдя от погони, Михаил Васильевич выехал к реке и стал промывать рану. Случайно он увидел, как с противоположного берега в него прицеливается из винтовки стрелок. На груди стрелка был красный значок. Фрунзе крикнул:
— Это я, Фрунзе!..
В. В. Куйбышев, подробно рассказывавший об этом эпизоде, добавил: «Об этом случае стало известно в Политбюро. С одной стороны, Фрунзе проявил величайшую отвагу, решительность, находчивость. С другой стороны, он не должен был, как командующий войсками, сам ходить на разведку. Все это было соответствующим образом отмечено».
В конце июня 1921 года части Красной армии нанесли решительное поражение махновским отрядам под Недригайловым. Отдельные группы махновцев еще продолжали грабить и убивать мирное население, но к августу они окончательно распались, а сам Махно бежал в Румынию.
Дни героической борьбы Красной армии сменились буднями демобилизации. Редели ряды командного состава — много командиров и политработников ушло на хозяйственную и советскую работу. Оставшиеся кадры находились в невероятно трудных материальных условиях, казармы имели нежилой вид, командиры и бойцы не были достаточно обеспечены ни продовольствием, ни обмундированием. Экономическая разруха легла тяжелым бременем на всю страну. Многие города и села были разорены. Шахты и рудники затоплены водой. Фабрики и заводы стояли в бездействии. Железнодорожный транспорт был парализован — развороченные пути, взорванные мосты, сваленные под откосы вагоны и паровозы, сожженные депо, подорванные водокачки. На селе — запущенные, поросшие сорняками поля, почти поголовная гибель скота. В условиях послевоенной разрухи демобилизация армии, к концу 1920 года достигшей численности в 5 300 тысяч, проходила медленно, с большими трудностями. Демобилизуя армию, нужно было учитывать указания Ленина и Сталина о капиталистическом окружении. Фрунзе писал: «Наша страна попрежнему находится в положении осаждаемой крепости... энергия и воля страны должны быть направлены по-прежнему на создание и укрепление нашей военной мощи».
Красная армия тяжело переживала полосу переформирований и реорганизации при отсутствии планов и твердых организационных схем. «Лениво и вяло шевелятся колеса военной машины, — писал Михаил Васильевич, — и так же лениво и вяло шевелится и современная военная мысль».