Его первая часть «Разделение наук» призвана была дать обзор и классификацию уже достигнутых человечеством знаний и указать темы, которые прежде всего нуждаются в дальнейшем изучении. Первоначальная разработка этой части была дана Бэконом во второй книге трактата 1605 года «О значении и успехе знания, божественного и человеческого», а систематическая и полная — в трактате 1623 года «О достоинстве и приумножении наук». Сегодня было бы слишком неблагодарно по отношению к Фрэнсису Бэкону скрупулезно обсуждать и оценивать все его многочисленные соображения о тех или иных научных проблемах, все его предложения поставить такие-то эксперименты и осуществить такие-то изобретения. Некоторые из них представляются нам наивными и несостоятельными, за ними чувствуется и дилетантизм, и скороспелость выводов. Некоторые порождены архаичными, уже канувшими в Лету естественнонаучными и философскими представлениями. Он, например, считал нужным опровержение теории Коперника и не принимал открытия Кеплера. И вместе с тем то тут, то там вдруг блеснут прозрения такой глубины, как будто они выхвачены лучом его жадной фантазии не из хаоса еще полусредневековой науки, а из непосредственного или даже отдаленного ее будущего. И, не говоря уже о том, что его трактат содержит много глубоких и здравых соображений, он пронизан самой живой заинтересованностью в успехах развития знания. Природа, человек, общество, история, политика, мораль, психология, поэзия — все интересует его, во всем он хочет обнаружить нечто поучительное, важное и полезное. И мы не можем не отдать должное его поистине энциклопедическому труду, оказавшему влияние на целую эпоху философского и научного развития, труду, на который ссылался еще Д’ Аламбер, приводя его подробную схему в своей вступительной статье к знаменитой французской «Энциклопедии, или Толковому словарю наук, искусств и ремесел».
Вторую часть составлял «Новый Органон или указания для истолкования природы». Здесь излагалось учение о методе познания как «законном сочетании способностей опыта и разума» и «истинной помощи» разума в исследованиях вещей. В противоположность дедуктивной логической теории аристотелевского «Органона» Бэкон выдвигает индуктивную концепцию научного познания, в основе которой лежат опыт и эксперимент и определенная методика их анализа и обобщения. Эта часть — философско-методологический фокус всего бэконовского замысла и вместе с тем последний систематически разработанный раздел его «Великого Восстановления Наук».