Женился Франклин гражданским браком 1 сентября 1730 года. О своей жене он писал: «Она оказалась хорошим и верным другом… Для меня было большой удачей, что моя жена была такой же трудолюбивой и бережливой, как и я сам. Она охотно помогала мне в моем деле, складывая и сшивая брошюры, присматривая за магазином, скупая старые льняные тряпки для изготовления бумаги и т. п. Мы не держали праздных слуг, наш стол был очень простым, наша обстановка – самой дешевой. Например, в течение долгого времени мой завтрак состоял из хлеба и молока (не чая), и я ел его оловянной ложкой из глиняной двухпенсовой миски».
Представление о Франклине, как о праведнике, все интересы которого замыкались на чтении книг, научных дискуссиях и общественной благотворительной деятельности, ни в коей мере не соответствует действительности. Личная жизнь выдающегося человека нередко обрастает подробностями, достоверность которых часто бывает очень сомнительна. И в таких случаях самое надежное, если данная личность отличается честностью и объективностью, присущими Франклину, руководствоваться автобиографическими материалами. О своей молодости Франклин высказывался довольно критически: «Неукротимые страсти юношеского возраста часто толкали меня на связи с женщинами легкого поведения, которые встречались на моем пути, что влекло за собой известные расходы и большие неудобства, а также постоянную угрозу моему здоровью, особенно меня страшившую, хотя, к моему величайшему счастью, я избежал этой опасности».
Карл Дорен, описывая холостой период жизни своего героя в Филадельфии после возвращения Франклина из Англии, писал: «Снова, как и в Лондоне, главный порыв, который он не мог сдержать или не регулировал, был сексуальный». Встречи с женщинами отнюдь не праведных моральных убеждений были случайны и непрочны. «Франклин в этих случаях не был галантен, и похоже, что он не влюблялся. Он шел на эти короткие встречи с женщинами жаждущий и тщательно скрывал их».
В 1730 или в начале 1731 года у Франклина появился незаконнорожденный сын Уильям. В апреле 1750 года, девятнадцати лет от роду, он переехал в дом отца. Многочисленные охотники до скандалов, несмотря на свои отчаянные усилия, так и не смогли выяснить, кто была мать этого ребенка. Политические противники Франклина заявляли в 1764 году, что матерью была недавно скончавшаяся женщина по имени Бербэра, работавшая за десять фунтов в год экономкой в доме Франклина. По их утверждениям, эта женщина была похоронена тайно, в неизвестном месте.
Выдвигалась и версия о том, что матерью Уильяма была Дебора Рид. Дорен писал, что в августе 1730 года, когда Франклин принял решение жениться на Деборе, он мог знать, что Бербэра или какая-то другая женщина ждала от него ребенка. С учетом этого надо было соответствующим образом решать вопрос о женитьбе на Деборе, чтобы не вызвать ее законного гнева, когда она позднее узнает обо всем. Если же, выдвигал Карл Дорен другой вариант, матерью ребенка была Дебора, то положение ее было еще более сложным. Официального извещения о смерти гончара Роджерса, мужа Деборы, не было. В этих условиях Дебора, родив ребенка от другого мужчины, могла быть обвинена в двоебрачии. Тогда был неминуем грандиозный скандал. Лучшим выходом из положения было объявить, что отцом ребенка являлся Франклин, а матерью – неизвестная женщина. «Мужественный философ мог взять на себя всю вину. И он взял ее. Сын Франклина, рожденный неизвестной матерью, жил в новом доме под именем Уильяма Франклина, возможно незаконнорожденный, но признанный и нежно любимый. Дебора могла иметь причину быть благодарной своему мужу, а могла и просто простить. Сейчас это невозможно установить…»
Версия о том, что Дебора – мать Уильяма, довольно сомнительна. Есть сведения о том, что после переселения Уильяма в дом Франклина, отношения незаконнорожденного сына с Деборой были настолько напряженными, что во время одного из конфликтов она даже заявила, что он «величайший на земле злодей». Свидетель этой сцены утверждал, что сказано это было с такой «бранью, в таких отвратительных выражениях, которых я никогда ранее не слышал от воспитанной женщины». Франклин вынужден был пойти на то, чтобы сын, после того как он подрос, переехал жить в другое место. Постепенно отношения между Деборой и Уильямом улучшились, и она стала даже навещать его. Франклин писал в связи с этим своей супруге: «Я очень рад, что ты иногда посещаешь Берлингтон. Гармония в нашей семье и между нашими детьми доставляет мне большое удовлетворение». Уильям также писал отцу, что он с женой «посетил свою мать», и свои письма Деборе он подписывал: «Ваш всегда покорный сын». Во время похорон Деборы Уильям был «главным плакальщиком», и то, что это не было простой данью этикету, свидетельствует письмо Уильяма отцу, в котором он нежно писал о «моей бедной старой матери».