Не успев вернуться даже в Петербург, он узнает о вспыхнувшей японской войне и отправляется на эскадру адмирала Макарова в Порт-Артур.
Там он сначала плавает на крейсере «Аскольд», а потом получает в командование миноносец «Сердитый», с которым совершает целый ряд подвигов. Затем, когда главная защита Порт-Артура окончательно перешла на сушу, он был назначен командиром 75-миллиметровой батареи на северо-восточном фронте и прокомандовал ею до самой сдачи крепости.
Далее А. В. Колчак направляет всю энергию на воссоздание флота и работает в Морском генеральном штабе. В нем он становится начальником оперативной части по Балтийскому театру и разрабатывает план войны с Германией.
В 1908–1909 годах он опять принимает участие в полярной экспедиции как командир ледокола «Вайгач». Но скоро его вызывают обратно в Петербург: идет возрождение флота, и он необходим. До 1912 года А. В. Колчак продолжает работать в Генеральном штабе, а затем он — снова на палубе корабля.
В этом году он назначается командиром миноносца «Уссуриец», а в 1913 году — командиром миноносца «Пограничник» и одновременно исполняет обязанности флаг-капитана по оперативной части штаба флота.
Началась Великая война, и А. В. Колчак, оставаясь все время в штабе флота, принимает участие в целом ряде им же самим разработанных экспедиций для постановки минных заграждений у неприятельских берегов.
Осенью 1915 года он принимает командование над нашей Минной дивизией и сразу ее оживляет. При ее помощи значительно усиливает защиту столь важного Рижского залива и, кроме того, неоднократно своими кораблями поддерживает армию генерала Радко-Дмитриева, что позволяет ей укрепиться впереди Риги и не сдать противнику этот важный пункт.
За это ему был пожалован орден Св. Георгия 4-й степени.
И вот теперь, в нарушение всех условностей, имея всего 41 год, он произведен в вице-адмиралы, пробыв контр-адмиралом всего два месяца, и назначен командующим Черноморским флотом.
Вот относительно назначения нового начальника дивизии мнения сильно расходились: одни считали его безусловно подходящим на этом месте, а другие, наоборот, утверждали противное. Боялись, что, так как он был всегда далек от Минной дивизии, не сможет понять духа личного состава миноносцев и не сумеет войти в положение дивизии, а на этой почве возникнет много недоразумений и конфликтов. Только в одном никто не сомневался — что он был одним из самых выдающихся и образованных наших морских офицеров. Да, трудно и невыгодно принимать места после столь выдающихся предшественников, как Колчак! Надо отдать полную справедливость адмиралу Кедрову — после нескольких месяцев совместной с ним службы в тяжелой боевой обстановке такое предубеждение совершенно пропало, и все преклонились перед его энергией, знанием дела и ясным умом. В нашей тесной кают-компанейской среде его полюбили как старшего соплавателя и замечательно интересного и веселого собеседника.
В июле командир получил уведомление, что решено окончательно приспособить «Новик» под флагманский корабль. Для этого приказано было срочно устроить необходимые помещения для штаба и его команды. Это было как раз то, от чего командир всегда так усиленно старался избавиться, еще находясь в Рижском заливе. Он считал, что, превратясь в яхту адмирала, «Новик» потеряет свою самостоятельность и будет совершенно обезличен. Однако, получив такое категорическое приказание, нам ничего не оставалось делать, как приняться за соответствующие перестройки.
19 июля, в день Св. Серафима Саровского, мы решили в первый раз праздновать наш судовой праздник и, по возможности, пышнее, несмотря на неудобство стоянки в доке. Для этого были разосланы приглашения всем бывшим офицерам «Новика» и в кают-компании дружественных нам кораблей. Утром в день праздника было торжественное Богослужение, на котором присутствовал адмирал Трухачев, а затем состоялся обед. С утра мы были засыпаны поздравлениями и цветами. Это доказывало, насколько наш «Новик» был любим на Балтийском флоте. Вообще, наш первый раз справлявшийся судовой праздник удался на славу.
8 августа пришло известие, что эскадренные миноносцы «Доброволец» и «Донской Казак» подорвались на неприятельских минах, причем первый тотчас же затонул.
Дело случилось следующим образом. Как раз в эти дни по ночам происходили работы по заграждению проходов у самого южного берега посредством затопления пароходов и лайб с камнями. Чтобы производящим эту операцию судам было удобнее ориентироваться, в так называемом маневренном мешке, в углу между заграждениями должен был стать «Доброволец» и все время светить в определенном направлении.