Центральное значение кантовского учения об «основоположениях чистого рассудка» Коген усматривает в преодолении отрыва эстетики от аналитики и установлении связи между обоими элементами познания; категории, выступающие в аналитике понятий как абстрактно отдельные формы, ложатся здесь в основу научного знания в конкретном синтезе формы и материала. Таким образом происходит обоснование математики и математического естествознания. Но полнота научного знания не исчерпывается принципами одной механики; обоснования требует и органический мир, причем обоснования имманентного, собственно органического; наряду с механикой существует и органика, создающая предмет описательного естествознания, отличающегося от математического естествознания и, следовательно, исходящего из иного принципа объяснения. Этот принцип Коген находит в третьей «Критике» Канта: принцип формальной целесообразности, причисленный Кантом к регулятивным идеям, поскольку конститутивное применение его чревато, по Канту, «авантюрой разума». В этом своем значении, как идеи разума, принцип формальной целесообразности выходит за пределы как биологии, так и совокупности математического и описательного естествознаний, играя роль систематизатора научного знания как такового. Именно здесь выявляется полная идеальность этой систематизации, поскольку эмипирическое осуществление ее недостижимо. Следует, поэтому, выйти за узкие рамки конститутивности и исходить из регулятивности; в этом пункте «поправки» Когена принимают характер прямой реформации кантовской философии. Речь идет о переосмыслении «трансцендентальной диалектики», или учения Канта об идеях.