Под ступенчатой пирамидой был выкопан огромный лабиринт коридоров и камер. Погребальная камера находится в середине подземного комплекса, шахта глубиной 28 метров ведет прямо от поверхности к месту захоронения. Вход в шахту был закрыт огромной каменной плитой весом в 3,5 тонны. Лабиринт подземных захоронений состоит из четырёх галерей, каждая из которых указывает на одну из сторон света. В восточной галерее были найдены три известняковых рельефа, изображающих царя Джосера во время празднования
В восточной части пирамиды, неподалеку от камер с голубой плиткой, 11 шахт гробницы вели вниз на глубину 30-32 метров и затем отклонялись под прямым углом в западном направлении. С 1-й по 5-ю шахты были предназначены для погребения членов царской семьи, шахты с 6-й по 11-ю использовались в качестве символических могил для различных обожествленных образов предков из I-й и II-й династий. Более 40 000 сосудов, чаш и ваз из всех видов полудрагоценных камней были найдены в этих галереях. Такие царские имена, как Ден, Семеркет,Нинечер и Сехемиб были вырезаны на горшках. Сейчас считается, что Джосер во время своего правления приказал восстановить исходные захоронения предыдущих царей, а затем, в попытке спасти, перепрятал ценные вещи в своей гробнице.
Комплекс некрополя
Ступенчатая пирамида Джосера была окружена стенами высотой в 10,5 метров, вокруг которых был расположен внутренний двор комплекса площадью 37,06 га. В этом дворе находилось несколько культовых сооружений, таких как Южная Гробница, Южный Двор, Южный Павильон, Северный Павильон, Колоннада и