Теперь бортовые компьютеры постоянно рассчитывали степень приоритетности угроз на основе внешней информации (прежде всего от спутников) и перепрограммировали маршрут полета с учетом возникавших или меняющихся угроз, однако принятие окончательного решение на изменение маршрута оставалось за летчиком. Электроника выступала только в роли консультанта. В кабине были установлены новые цветные жидкокристаллические многофункциональные индикаторы. Венцом этой испытательной программы стал 12-часовой полет, который Джим Браун выполнил 30 июня 1998 г. на самолете «784». В ходе полета на самолет передавалась информация через спутники, «подвешенные» на геостанционарных орбитах. В процессе полета менялись цели и маршрут.
Несколько раз предпринимались попытки снизить визуальную заметность самолета за счет специальной окраски. В 1993 г. самолет «782» был перекрашен в светло-серый цвет. Тогда выполнили 14 сравнительных полетов в паре, серого «стелса» и черного. «Стелсы» остались черными. В июле 1993 г. специальное текстурированное покрытие, снижающее отражение света, нанесли на борт «784». Самолет выполнил в таком виде четыре полета, о результатах не сообщалось.
Интерес к маскировочной окраске «стелсов» возобновился в начале 2000-х годов в связи с желанием командования ВВС США расширить временные рамки использования F-l 17А – не только ночью, но и днем. По словам представителя ВВС «черный F-117 вряд ли станет «дневным игроком», поскольку его легко обнаружить визуально. Первым светло-серо/темно-серую маскировочную схему окраски по типу окраски истребителя F-22 «Рэптор» получил F-117 с серийным номером 85-0835 из 1-го звена 53-й испытательно-оценочной эскадрильи, звено дислоцируется на авиабазе Холломэн, шт. Нью-Мексико. Перекраска самолета проводилась силами личною состава 1 -го звена 53-й эскадрильи, самолет в новой окраске впервые выкатили на аэродром 23 декабря 2003 г. К середине мая 2004 г. в два оттенка серого цвета был перекрашен второй F-117, приписанный к 410-й авиационной летно-испытательной эскадрилье. Программа летных испытаний предусматривает оценку эффективности новой схемы окраски в плане снижения визуальной заметности самолета днем и ночью. Для проведения сравнительной оценки снижения визуальной заметности серые F-117 летали вместе с «черными».