В третьей главе «Позднее Средневековье и раннее Новое время» Льюис, вкратце обрисовав геополитическую обстановку еврейской жизни от Центральной Азии до Марокко, концентрирует затем основное внимание на Османской империи, которая по сравнению с классическим периодом предлагает «столь широкие возможности», однако же, «столь малы достижения». Льюис излагает содержание примечательных документов, обнаруженных в османских архивах, а также других материалов, связанных с этим периодом. С 1984 года с этими данными проведена большая дополнительная работа, и соответствующий грант в немалой степени обязан своим появлением новаторским результатам Льюиса и поощрению его дальнейших исследований. Подробные данные о еврейской демографии, предоставленные архивными документами Османской империи, уникальны в еврейской историографии периода до младотурецкой революции. Общинная жизнь и интеллектуальный вклад османского еврейства, представленные во множестве еврейских источников, значительно отличаются от того, что имело место в классический период ислама, в том числе и из-за наличия сильного европейского элемента в виде испаноязычных изгнанников из Иберии, а также пришедших вслед за ними эмигрантов, спасающихся от христианских преследований. Эти эмигранты прежде всего были полезны империи своими предпринимательскими способностями.
На практике османская политика в отношении евреев была не особо обременительной, султаны подчас покровительствовали евреям за их экономические навыки и международные контакты, а также потому, что правители предпочитали их бесспорно лояльную службу деятельности своих греческих, армянских и христианских арабских подданных. В целом же взаимодействие евреев и турок не ознаменовалось проявлением такого культурного симбиоза, который имел место в классический период. Да и сама еврейская жизнеспособность после цветущего XVI века постепенно скатилась до упадка в веке XVII, отчасти в результате упомянутой экономической конкуренции, но в целом упадок отражал растущую слабость самой Османской империи. Режим стал менее толерантным, хотя наихудшие эксцессы были спровоцированы христианами, в частности кровавым наветом. Такое порой случалось и в XVI веке, а затем чаще, с более серьезными последствиями, в веке XIX.
То обстоятельство, что в третьей главе основное внимание уделено османскому еврейству, отражает собственные научные интересы Льюиса и его намерение стимулировать исследования этого несколько забытого периода. Глава завершается относительно короткой кодой о Марокко и Иране. «Исторический закон» о том, что плюрализм действует во благо евреям, Льюис иллюстрирует изображением убогого положения марокканского еврейства — единственной общиной
В последней главе Льюис описывает то, что он назвал «Конец традиции». Картина еврейской жизни в XIX веке, будь то в Иране, Марокко или Османской империи, выглядит весьма удручающе. Кровавые наветы, внедрение методов европейского христианского антисемитизма в исламский мир распространяются по нарастающей, хотя проводниками выступают обычно христиане, а не мусульмане. Также по нарастающей идет проникновение западных держав на эти территории для защиты собратьев-христиан и собственных национальных интересов. Что касается евреев, то такие европейские организации, как французский