Кроме традиционного боевого распорядка легиона в его состав входил ряд выделяющихся и необычных подразделений. Первым из них стали ордена эвокатов, изначально созданные лордом-командором Восото, а затем перестроенные, расширенные и переименованные Робаутом Жиллиманом. Эвокаты были обучающим подразделением легиона, состоящим из приблизительно двух орденов с удвоенной численностью, и включали в себя как новобранцев, набранных со всего Ультрамара и других миров, так и ядро закалённых ветеранов. В то время как погибший лорд-командор посылал новобранцев сражаться прямо на линии фронта, Жиллиман давал им в качестве первого назначения оборонительные операции внутри Ультрамара, становящиеся последним этапом сурового режима тренировок. В него входили как практические боевые учения, так и операции по мозговому кодированию и подражательному внедрению, гораздо более длительные и требовательные, чем во многих других легионах.
Столь же важными, пусть и возникшими позднее, были инвиктарии — подразделение ветеранов, бывшее одновременно элитой легиона и собранием воинов, которые благодаря своим действиям были выделены как возможные кандидаты для будущих высоких постов — не просто благодаря храбрости или владению оружием, но также таланту к управлению, организации и руководству. Главные соединения инвиктариев не входили в основную структуру легиона и были предназначены в первую очередь для обеспечения властного порядка над законными владениями Ультрадесантников, и их численность росла вместе с самим Ультрамаром.
Наиболее знаменитым и грозным из таких элитных подразделений были сюзерены-инвиктарии. Они входили в свиту пяти тетрархов Ультрамара и служили одновременно военными силами при обороне их вассальных владений, вершителями законов для простых жителей и почётным караулом для своих командующих в битвах. Численность отдельных подразделений сюзеренов-инвиктариев разнилась по численности: так, тетрарх Аминтас возглавлял армию из нескольких тысяч воинов, являвшихся грозными миротворцами на беспокойных мирах вокруг Якса, а численность гвардии тетрарха Ламиада составляла лишь сто воинов, что частично было проявлением уважения к воителям-механикум, стоящим на страже Конора и не нуждавшихся в помощи. Помимо войск сюзеренов, инвиктарии в ограниченном количестве были распределены по подразделениям легиона и входили в вертикали власти (являясь лишь частью ветеранов и обычно включая в себя офицеров или сержантов), где во время полевого командования они оттачивали боевое мастерство и прочие навыки.
Существовала и ещё одна организация XIII-го легиона, редко упоминаемая и действующая в пределах их владений. Это были вигил оператии, которые возникли ещё во времена основания Ультрамара и служили скрытой рукой военного правительства, устраняя обнаруженные внутри Пятиста Миров угрозы и надзирая за разнообразными военными подразделениями местных человеческих армий. Об их внутренней организации известно только то, что в основном они состояли из аугментированных людей — тех из соискателей, которые не смогли вступить в легион из-за небольших изъянов тел и разума, но могли служить. Эта организация отчитывалась перед инвиктариями и действовала там, где не могли тайно работать сверхлюди из Легионес Астартес. В этом, по крайней мере, отчасти, можно уловить сходство с оперативниками других, более скрытных легионов, хотя вигил оператии безусловно руководствовались в своих действиях нерушимым сводом правил.
Одной из основ организации тринадцатого легиона была строгая иерархия, благодаря чему каждый воин при любом положении знал свои обязанности и долг. Общее руководство легионом осуществлял Робаут Жиллиман, определяющий стратегические цели и назначения, а также командовавший любым флотом и операцией, при которой присутствовал. На следующей ступени находились магистры орденов, каждый из которых командовал приблизительно 10,000 десантников и частью пустотного флота Ультрамара. Им оказывали поддержку легаты — старшие офицеры и командующие. Каждый орден легиона включал в себя десять рот, состоящих в свою очередь из тысячи Легионес Астартес, возглавляемых капитаном, ответственным за тактическое развёртывание, эффективность действий и обучение своих воинов.