С того момента, как в 1517 г. Мартин Лютер выступил со своими «95 тезисами», религиозное противостояние между католиками и протестантами стало еще и политическим процессом. Это было неизбежно. Кризис отразился на отношении человека ко всему. Церковь имела огромные политические и экономические ресурсы, и после нападения на основные доктрины Рима протестанты вскоре атаковали и институт церкви. Протестанты и католики пытались использовать государственную власть в своих целях, а короли получали прибыли, участвуя в конфликте.
Со смертью Джона Кальвина в 1564 г. инициатива протестантов несколько угасла. Более того, со смертью святого Игнатия Лойолы в 1556 г. и завершением деятельности Тридентского собора католическая реформистская программа практически прекратила существование. Идеологическая борьба на время замерла. Поскольку и протестанты, и католики потеряли свою духовную инициативу, они взамен развили политическую активность.
Конфликт между католиками и протестантами конца XVI в. произошел во многом из-за доктрины предопределения. Центральные вопросы духовных и интеллектуальных споров были исследованы, обсуждены и сформулированы между 1517 и 1564 гг. Во второй половине века не появилось ни одного протестантского теолога, сравнимого с Лютером, Цвингли или Кальвином. Протестанты разделились на целый спектр сект, ревностно оберегающих заветы своей церкви, с хорошо прописанной доктриной, идеологическими и институциональными особенностями. С точки зрения католиков, эффект церковной реформы 1530 г. заключался в сломе всех главенствующих протестантских догматов. Тридентский собор провозгласил духовный приоритет существующих католических ритуалов. Задолго до разделения церкви соборная реформа увеличила иерархическую власть пап, кардиналов, священников. Римская инквизиция и список разрешенных книг помогали защитить верующих от протестантской пропаганды, так же как женевская консистория защищала ортодоксальных кальвинистов от разрушительного внешнего влияния. После 1560 г. протестанты и католики потеряли интерес к духовным или интеллектуальным спорам, казалось, что им больше нечего сказать друг другу. Каждая сторона старалась теперь повергнуть другую с помощью явного применения силы.
Если религиозная сторона спора постепенно утрачивала свою значимость и важность, то политическая неуклонно набирала вес. Ранее, как раз между 1520 и 1550 гг., короли и принцы Центральной и Восточной Европы были вынуждены организовать борьбу между протестантами и католиками на очень высоком уровне. Кронпринц Германии, который защищал Лютера от папы и императора, воспользовался новой религией с энтузиазмом. Национальная протестантская церковь Швейцарии, Дании и Англии, развивавшаяся в 1520–1530 гг., также была основана королями, которые быстро присвоили себе доходы, полученные от папы.
Как замечает Г.Р. Элтон, «реформация поддерживала себя, когда она была угодна высшей власти, правителям и королям, она бы не выжила, если бы власть решила задавить ее». К середине XVI в. даже католические правители выбрались из кризиса. Германские князья, Габсбурги в Испании и Валуа во Франции требовали папского договора, который ужесточал бы их власть над местной церковью. Они относились подозрительно к любому проявлению власти папы. Солдаты Карла V разграбили Рим, а не Виттенберг в 1527 г. И когда папство с запозданием отдало часть денег для реформы, и Габсбурги, и Валуа отказались подписать большую ее часть, отклонив особенно те статьи Тридентского собора, которые затрагивали их суверенную власть. В отказе сотрудничать с Римом католические правители пресекли намерение папства возвратить церкви политическую власть, как это было в Средневековье.
Покровительствуя протестантским реформаторам, протестантские правители были уверены в том, что их реформы не зайдут слишком далеко.