Но когда китайские коммунисты очистили север страны от японцев, Шен Шицяй переметнулся на сторону Чан Кайши. В Синьцзяне развернулось мощное сепаратистское движение мусульман-уйгуров, которым оказывали активную поддержку британская разведка и режим Чан Кайши. В конце 1944 года в Синьцзян были направлены две дивизии дунганской конницы из провинции Цинхай.
Предательский режим Шен Шицяя в Урумчи отличался крайней жестокостью. Так, под предлогом пресечения «попыток восстаний» было арестовано более 120 тысяч человек, из которых 80 тысяч казнено.
Пользуясь тем, что Чан Кайши был не способен оказать Шен Шицяю серьезную военную помощь, оппозиционные силы при поддержке СССР начали восстание, в ходе которого китайские войска были изгнаны из трех округов Синьцзяна. Шен Шицяй был свергнут. В ноябре 1944 года в городе Кульдже была образована Восточно-Туркестанская республика (ВТР), Временное правительство которой во главе с муллой Алихан-Тюре, узбеком по национальности, было настроено антикитайски и промусульмански. В январе 1945 года руководство ВТР приняло и обнародовало программу своих действий. Согласно этому документу на территории Восточного Туркестана ликвидировалось господство китайцев и создавалась суверенная республика с равенством прав всех национальностей. Правительство высказалось за развитие промышленности, сельского хозяйства, животноводства, частной торговли, заявило об установлении дружественных отношений с СССР и связей с правительством Китая в экономической и политической областях. Одновременно было заявлено о намерении поддерживать ислам как религию большей части населения Восточного Туркестана.
Здесь следует отметить, что в 1944–1946 годах в Синьцзяне действовала оперативная группа наркоматов государственной безопасности и внутренних дел СССР во главе с начальником отдела специальных заданий НКВД генерал-майором Владимиром Егнаровым. Именно на помощь этой группе, а также органам безопасности компартии Китая с целью организации мероприятий по разложению сепаратистского движения уйгуров и прибыл генерал Эйтингон.
В ходе командировки в Синьцзян он также на регулярной основе направлял в Центр исключительно ценную информацию, которая касалась военно-политической ситуации в этом стратегически важном районе на северо-западе Китая, примыкающем к границам СССР. Впоследствии эти данные помогли Москве и Пекину обезвредить агентурные и диверсионные группы, которые находились в Синьцзяне под контролем английской разведки.
Совместно с китайскими коммунистами Эйтингону удалось создать активно действующие боевые группы, общее руководство которыми осуществлял легендарный сотрудник советской внешней разведки, Герой Советского Союза полковник Николай Прокопюк. Эти группы эффективно противодействовали мятежникам. В итоге к 1949 году, когда Эйтингон был уже в Москве, уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение. Однако и отношение руководства СССР к Восточно-Туркестанской республике к этому времени несколько изменилось. Москва опасалась создания в Синьцзяне исламского государства, находящегося под влиянием Англии и США. Под давлением СССР руководство ВТР было вынуждено пойти на соглашение с Мао Цзэдуном, который, как и все лидеры КПК, был противником независимого Синьцзяна и допускал лишь его автономию.
В октябре 1949 года войска Народно-освободительной армии Китая заняли Урумчи. 17 декабря было сформировано Синьцзянское провинциальное народное правительство, в состав которого вошли девять уйгуров, три казаха, четыре китайца, два дунгана и по одному представителю от всех других народов. Возглавил правительство Бурхан Шахиди, а его заместителями стали Сайфуддин Азизи и китаец Гао Цзиньчунь.
В 1955 году Восточно-Туркестанская республика окончательно прекратила свое существование как независимое государство и стала китайской провинцией — Синьцзяно-Уйгурским автономным районом. Так вскоре после смерти Сталина завершился период советского влияния в Синьцзяне. А затем последовало и решение Хрущева о выводе советских войск из Маньчжурии и передаче всех баз сухопутных войск и военно-морского флота СССР Китаю.
В 1947 году возвратившийся из Синьцзяна генерал-майор Эйтингон был вновь назначен заместителем генерал-лейтенанта Судоплатова, возглавлявшего отдел МГБ СССР по диверсионной работе за границей. В послевоенные годы ему пришлось принимать самое непосредственное и активное участие в разработке и реализации оперативных мероприятий, в частности по ликвидации литовских националистических бандформирований.