В связи с огромными трудностями для Красной армии в первые недели войны и успешным продвижением вермахта на Восток ЦК ВКП(б) 18 июля 1941 года принял специальное постановление «Об организации борьбы в тылу германских войск». В нем предписывалось партийным организациям и органам государственной безопасности «…создать невыносимые условия для германских интервентов… срывать все их мероприятия, уничтожать захватчиков и их пособников… помогать созданию партизанских отрядов, диверсионных истребительных групп…».
Особая группа немедленно приступила к подготовке разведывательных и диверсионных резидентур для выполнения специальных заданий за линией фронта, а также в отдельных городах и районах СССР на случай угрожаемого положения. Среди них были: оперативные группы «Форт» Владимира Молодцова и «Местные» Виктора Лягина, действовавшие соответственно в Одессе и Николаеве с июля 1941 года; резидентура «Максима» в Киеве, возглавляемая Иваном Кудрей с сентября 1941 года, и другие.
Еще ранее, 26 июня 1941 года, приказом наркома были сформированы войсковые подразделения Особой группы, которыми командовал комбриг Павел Богданов. Они включали две бригады, состоящие из батальонов, отрядов и спецгрупп, формирование которых проходило под непосредственным контролем Эйтингона. В октябре они были переформированы в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН) — легендарный спецназ периода Великой Отечественной войны, прославившийся своими операциями в тылу врага. В ОМСБОН брали только добровольцев, которые проходили специальную подготовку для диверсионной работы и выполнения заданий особой важности. Бригада состояла из двух полков четырехбатальонного состава и включала специальные подразделения. Командиром 1-го полка, а с августа 1942 года командиром бригады был кадровый сотрудник внешней разведки полковник Гриднев.
Местом формирования бригады стал Центральный стадион «Динамо», расположенный в старинном Петровском парке. Помимо чекистов в бригаду влились свыше восьмисот спортсменов, среди которых было немало заслуженных мастеров спорта, известных тренеров, чемпионов и рекордсменов СССР, Европы и мира. Среди них — знаменитые легкоатлеты братья Знаменские, чемпион СССР по боксу Николай Королев, группа футболистов минского «Динамо» и многие другие известные спортсмены. Общая численность бригады составляла в тот период 10 500 человек. В первые годы войны не каждая стрелковая дивизия могла сравниться с ней по численности и обученности.
На подмосковном стрельбище «Динамо» в Мытищах вновь созданные оперативные группы особого назначения изучали минное дело, подрывную технику противника, овладевали тактикой действий небольшими группами, приемами ведения ночной разведки, топографией, радиоделом, совершали марш-броски, прыжки с парашютом. Короче, учились всему, что необходимо на войне.
ОМСБОН была во всем необычной бригадой. В одном батальоне, предназначенном для выполнения диверсионных заданий, было немало спортсменов-лыжников, парашютистов, снайперов, причем лучших из тех, кого мог рекомендовать комсомол.
В другом батальоне были почти одни иностранцы. Тут много было испанцев, старых знакомых и учеников Эйтингона.
Верховное командование и руководство органов госбезопасности поставили перед бригадой следующие задачи: оказание помощи Красной армии средствами разведывательно-диверсионных и боевых действий; содействие развитию партизанского движения; дезорганизация тыла противника; осуществление агентурной разведки на временно оккупированных территориях; проведение контрразведывательных операций.
Уже в сентябре 1941 года в тыл врага ушли опергруппы Д. Медведева, А. Флегонтова, В. Зуенко, Я. Кумаченко и М. Филоненко. Последнему предстояло со своими бойцами совершить рейд по Подмосковью в самый сложный период обороны Москвы. Круг интересов разведывательно-диверсионного отряда «Москва», возглавляемого сотрудником внешней разведки Филоненко, был очерчен на штабных картах населенными пунктами: Апрелевка, Рогачево, Ахматово, Дорохово, Петрищево, Бородино, Верея, Крюково. В ходе рейда, который продолжался 44 дня, бойцы отряда Михаила Филоненко полностью выполнили поставленные перед ними задачи.
В октябре — ноябре 1941 года, когда тяжелое положение сложилось непосредственно под Москвой в результате широкого наступления немцев, которые сосредоточили здесь более пятидесяти дивизий, включая 13 танковых, а ресурсы защитников были на исходе, крайне важно было перекрыть наступающим подходы к столице. В «Очерках истории российской внешней разведки» об этом периоде рассказывается: