Осенью 631г. в Александрию приехал новый халкидонский патриарх, облеченный исключительными полномочиями—архиепископа и префекта Египта. Это сочетание церковных и гражданских функций, противоречащее церковным канонам, является абсолютным исключением в истории Византийской церкви. Назначая его, Ираклий, вероятно, вдохновлялся успешной политической ролью, которую играл патриарх Сергий во время его собственного отсутствия на Востоке, а также той гражданской ролью, которую Юстиниан в VIв. формально предоставил Церкви после завоевания Италии. В Египте со времен Афанасия и Кирилла уже существовала традиция, по которой александрийский архиепископ играл роль национального лидера всей страны в целом. На этот раз, однако, полномочия эти были даны императором в весьма критический момент, да еще иностранцу Киру, бывшему ранее митрополитом Фасиса на Кавказе и успешно устраивавшему церковные унии, основанные на «моноэнергизме». Главной его задачей было то, в чем столько халкидонских патриархов уже потерпело неудачу: восстановить в Египте религиозное единство в имперском православии. Однако при своем назначении он не мог предвидеть, что миссия его будет короткой и что уже в 639г. войска ислама захватят Египет, отрезав всю Египетскую церковь от Империи и превратив ее на многие столетия в изолированное меньшинство.
Когда прибыл Кир, монофизитский патриарх Вениамин начал скрываться и жил в отдаленных монастырях в пустыне вплоть до арабского завоевания[673]. Для достижения своей цели новый папа Кир прибегал и к уговорам, и к силе. Политика уговоров до персидской оккупации все–таки давала хоть какие–то незначительные результаты, достигнутые при уважаемых и знающих патриархах–халкидонитах Евлогии и Иоанне Милостивом[674]. Кроме того, правительство Ираклия помогло разрешить «тритеистские» споры между монофизитами, и с его помощью в 616г. состоялась уния между антиохийским патриархом Афанасием Погонщиком верблюдов и «феодосиевским» патриархом Александрийским Анастасием. Поэтому несомненно, что Египетская церковь, несмотря на преданность большинства ее монофизитству, питала к правительству Ираклия некоторые симпатии, в особенности после его блестящих побед над персами, чье завоевание Египта никому не нравилось[675]. Теперь же Кир явился с тем, что он считал «новыми» предложениями, которые можно было (с известными оговорками) интерпретировать, по крайней мере кому–то из монофизитов, как капитуляцию Халкидонского собора. Некоторые из них восклицали: «Не мы общаемся с Халкидоном, но сам Халкидон идет к нам»[676]. Но о радости монофизитов сообщает халкидонит, враг моноэнергизма. Во всех же коптских источниках память о Кире связывается исключительно с кровью и насилием, а не с богословским компромиссом. Они даже не упоминают моноэнергистскую позицию Кира или «Екфесис» Ираклия, а лишь рассказывают о тех преследованиях, которым подвергались противники Халкидонского собора. Действительно, вместе с многими другими брат патриарха Вениамина, Мина, был подвергнут пытке и казнен[677], а римские войска продолжали избивать диссидентов–коптов даже когда они сами были осаждены арабами в Вавилоне (современном Каире) в 641г. Террор длился десять лет, то есть все время правления Кира[678]. Его как главу гражданского и церковного управления в Египте копты считали ответственным за всю жестокость его администрации. Известный как «кавказец» (аль–Мукавкас, по–арабски), поскольку происходил из Лазики на Черном море, он вошел в историю как великий преследователь монофизитов и как искусный (хотя и не добившийся успеха) дипломат, уважаемый мусульманами[679].