То, чего Юстиниан, очевидно, не смог бы или не захотел бы решать, это каким образом можно установить гармонию или «симфонию» между эсхатологической реальностью Царства Божия, явленного в Церкви и ее Таинствах, с одной стороны, а с другой—такими неизбежными в любом человеческом обществе «человеческими делами», как насилие, война, социальная несправедливость и т. п., то есть то, чего и само государство не в силах и не может избежать. Поэтому преамбула 6–й «Новеллы» выражает не более чем определенное устремление. Кроме того, она допускает богословскую ошибку: как бы добросовестно ни читать Новый Завет, там не найти указания на подобную статичную «симфонию» между Царством Божиим и «миром сим», скорее—на напряженность между частичными, неадекватными и неполными достижениями человеческой истории и абсолютной надеждой на иной мир, где Бог будет «всяческая во всех». При Юстиниане, так же как и при его предшественниках, эта напряженность более поддерживалась монахами–подвижниками, чем законодательством и политикой, подобной 6–й «Новелле».
Как бы то ни было, стремление Юстиниана к единству и порядку приняло форму решительной борьбы с религиозными диссидентами. Остатки язычества были безжалостно истреблены, и все, кто еще были язычниками, получили приказ обратиться, иначе им угрожала конфискация имущества. Монах Иоанн Эфесский хвастался, что обратил в Малой Азии сто тысяч язычников при непосредственной имперской помощи. Языческие храмы, например баальбекский в Сирии и Филе в Египте, были закрыты или разрушены так же, как и последний, еще остававшийся центр языческой образованности—Афинская школа. Этот разрыв с религиозной и философской традицией античности был еще более усилен осуждением оригенизма, о чем будет речь ниже: он был анафематствован именно как опасный пережиток «эллинских мифов», К иудейству по старой римской традиции продолжали проявлять терпимость, но Юстиниан ограничил гражданские права евреев и даже повелел употреблять в синагогах греческий, а не еврейский текст Библии, прокладывая путь к более полной интеграции евреев в христианское общество. Однако самарянам было хуже: на них не распространялись законы, которые защищали правоверный иудаизм, и они устраивали восстания. В 555г. в Палестине над ними были учинены кровавые расправы и массовые казни. С христианскими еретиками, такими как манихеи, монтанисты и уцелевшие гностики, обошлись более сурово, чем с евреями. Им была запрещена любая религиозная деятельность, не разрешалось заниматься свободными профессиями, они были лишены гражданских прав, включая право собственности. Были и смертные казни. После завоевания Африки, Италии и Испании множество владений арианской церкви вандалов и готов было конфисковано, а духовенство сослано.
Однако самой серьезной проблемой стало существование на Востоке огромного числа христиан, отказавшихся признать Халкидонский собор и его христологическое определение. Радикальные монофизиты, также как формальные последователи Евтихия, или так называемые («безглавые», которые во имя монофизитства отказались подчиниться «Энотикону»), преследовались, как и другие еретики. Но последователи Севира Антиохийского и Египетская церковь, монолитно противостоявшая Халкидону, представляли собой народные массы, на которые нельзя было воздействовать одной только силой. Это стало основной проблемой религиозной политики Юстиниана. При разрешении ее он пользовался советами своей замечательной жены императрицы Феодоры, которой выпала роль главного устроителя религиозной политики.
На Востоке единственным защитником Халкидонского собора была Константинопольская церковь вкупе с неустойчивым Иерусалимским патриархатом. Но из–за истории с Акакием она находилась в конфликте с «древним Римом», главной надеждой и политической основой восстановления империи на Западе. Таким образом, примирение между двумя «Римами» было абсолютной необходимостью, и Юстиниан подошел к этому как к первоочередной задаче.