Политические события 90-х годов, изменение политической карты Советского Союза привели к изменению учебного процесса Пермского высшего военного командного училища. Потребовались специалисты по техническим, тыловым и кинологическим специальностям для войск. Так, в 1990 году в Пермском военном училище была организована первая в нашей стране кафедра кинологии, возглавил которую полковник В. В. Гурдин. На плечи этого офицера легли организационные вопросы по формированию кафедры, подбору офицерского состава, созданию учебно-материальной базы для подготовки будущих офицеров-кинологов. В 1991 году из Алма-Атинского пограничного училища прибывают курсанты-кинологи 2–4 курсов (46 чел.) со служебными собаками, готовившимися для внутренних войск МВД СССР. В июле 1991 года был проведен первый набор курсантов для обучения по специальности «Кинология» в количестве 25 человек.
Таким образом, с 1 августа 1991 года началась планомерная подготовка будущих офицеров-кинологов для внутренних войск в Пермском высшем военном командном училище.
В сентябре 1994 года наряду с другими факультетами был организован кинологический факультет, начальником которого назначили полковника Гурдина Валерия Витальевича. Было создано две кафедры: кинологии и биологии. Кафедру биологии возглавил кандидат сельскохозяйственных наук А. С. Семенов, начальником кафедры кинологии стал офицер-пограничник, кандидат биологических наук Шалабот Н. Е., прослуживший в пограничных войсках более 22 лет (до прибытия в наше училище был заместителем начальника кафедры кинологии Алма-Атинского пограничного училища, имел богатый практический опыт в подготовке курсантов-кинологов). В 1995 году полковник Гурдин В. В. уходит в запас, факультет возглавляет полковник Шалабот Николай Егорович.
С 1996 года ведущую кафедру кинологии возглавляет перспективный, целеустремленный офицер подполковник Хорошилов И. А.
Кинологический факультет Пермского военного института является единственным учебно-научным подразделением в Российской Федерации, которое осуществляет подготовку дипломированных специалистов с высшим профессиональным образованием, направляемых для организации деятельности кинологических подразделений спец. органов и внутренних войск МВД России.
Предназначение выпускников: замещение офицерских должностей командира кинологического взвода, начальника кинологической службы воинской части внутренних войск МВД России.
На факультете осуществляется подготовка специалистов для других федеральных органов исполнительной власти, в которых законодательством предусмотрена военная служба (подразделений и органов МВД, Пограничной службы ФСБ России).
Кроме того, на договорной основе осуществляется подготовка специалистов для стран Содружества Независимых Государств (Беларусь, Казахстан, Кыргызстан, Туркменистан).
Подготовка специалистов осуществляется в соответствии с государственным образовательным стандартом высшего образования со сроком обучения 4 года по направлению подготовки 06.03.01 Биология (уровень бакалавриат). Большую научную работу, связанную с гибридизацией волка и собаки, на кафедре проводит профессор Касимов В. М. За прошедшее время получено четыре поколения волко-собачьих гибридов с долей генов волка 50–63–75 %, вполне толерантных к человеку, что дало возможность поставить под контроль поведение этой группы животных. Об уникальном эксперименте неоднократно сообщали средства массовой информации. Курсанты со служебными собаками постоянно участвуют во всероссийских и региональных соревнованиях по служебному собаководству.
Вся деятельность коллектива направлена на подготовку профессионалов, специалистов офицеров-кинологов. За годы существования факультета подготовлено свыше 600 офицеров. С 2001 года выпускники факультета направляются в Федеральную пограничную службу, где, по отзывам начальника службы кинологии и кавалерии полковника П. А. Мигуна, зарекомендовали себя только с положительной стороны.
За высокое профессиональное мастерство, личный вклад в программное и научно-методическое обеспечение подготовки высококвалифицированных офицеров-кинологов заведующий кафедрой биологии Н. Е. Шалабот награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» I и II степени. За мужество и героизм, проявленные при выполнении служебно-боевых задач в Северо-Кавказском регионе, награждены государственными наградами полковники И. В. Маташков и А. Д. Михайлюк — медалью Суворова, А. И. Дмитриев — медалями Суворова и Жукова, С. В. Бочкарев — медалью «За отвагу». При выполнении служебных задач, спасая жизнь подчинённому, погиб командир взвода капитан В. Т. Халуторных, за что был награжден Орденом Мужества — посмертно.