Главной военной прокуратурой в период проверки были получены показания от Дэнуни Д.М. и Манукяна, проживающих в Ереване, о том, что, будучи арестованы в 1937 г., они находились во внутренней тюрьме НКВД Армении в одной камере вместе с арестованным профессором-хирургом Мирза-Аваковым, который в их присутствии, а также Вартаняна Григора и Карагезяна, рассказал о действительной причине его ареста. Как он заявил, в 1936 г., когда тело Ханджяна привезли в Ереван, Мирза-Авакова вызвали для осмотра трупа; осмотрев голову Ханджяна, он обнаружил рану с левой стороны выше виска и что выстрел произведен с дальнего расстояния, в связи с чем Мирза-Аваков пришел к выводу, что Ханджян был убит, а не покончил самоубийством. О своем мнении Мирза-Аваков говорил Вартаняну Сергею и Манвеляну, и кто-то на него донес.
Как установлено в настоящее время Прокуратурой СССР, Мирза-Аваков числится «умершим в тюрьме», в настоящее время он посмертно реабилитирован».
Члены Президиума ЦК единогласно одобрили записку Комарова, содержавшую версию о том, что коварный Берия собственноручно расправился с героем-мучеником Ханджяном. Однако включить этот эпизод в доклад Хрущева XX съезду с разоблачением культа личности Сталина все же не рискнули. Ведь при ближайшем рассмотрении версия об убийстве Ханджяна оказывалась шита белыми нитками и вряд ли бы убедила в виновности Берии человека, хоть сколько-нибудь знакомого с перипетиями внутрипартийной борьбы 20-х годов и особенностями Большого террора 30-х.
В записке Комарова всячески подчеркивалось, что почти все люди, причастные к делу о «самоубийстве» Ханджяна, умерли не своей смертью. Берия, мол, убирал свидетелей. Но человек, помнивший Большую чистку, сразу бы догадался, что люди, занимавшие такие номенклатурные должности, как прокурор Грузии или нарком здравоохранения республики, да еще принадлежавшие к старым большевикам, и без всякого участия Лаврентия Павловича имели очень мало шансов уцелеть. Что же касается доктора Киршенблата, то на его расстрел тройкой НКВД в Полтаве в феврале 1938 года Берия вообще повлиять никак не мог. Тогда НКВД возглавляли Ежов и Фриновский. У последнего же отношения с Лаврентием Павловичем были напряженными еще по совместной работе в Закавказье. Неужели стал бы Берия просить Ежова или Фриновского обязательно ликвидировать мало кому известного узника полтавской тюрьмы как опасного свидетеля?
Обстоятельства же будто бы происшедшего убийства Ханджяна вообще выглядят сплошной фантазией. Не настолько горяч был Лаврентий Павлович, чтобы в пылу полемики застрелить оппонента в собственном служебном кабинете, да еще в тот момент, когда в соседней комнате работала комиссия КПК, да к тому же с дальнего расстояния попасть точно в висок, чтобы легче было инсценировать самоубийство. Опытный чекист Берия, будь на то острая необходимость, организовал бы убийство главы армянских коммунистов поэлегантнее, замаскировав его под несчастный случай, и уж, конечно же, не в своем служебном кабинете и не своими руками.
Настораживает и то, что в записке Комарова почти все ссылки на прямых очевидцев преступления относятся к людям уже умершим к тому моменту, когда партийные органы и Главная военная прокуратура начали расследовать обстоятельства смерти Ханджяна. А уж версия с переноской трупа из здания Закавказского крайкома на квартиру Ханджяна выглядит как сцена из плохого боевика. Каким образом, интересно, Берия и его люди могли бы бесшумно затащить бездыханное тело в квартиру, так, чтобы это не услышали ханджяновские охранники. Как могли бы Саноян и Мкртчян не услышать, что к дому подъехала автомашина, тем более что автомобилей в Тбилиси тогда было раз-два и обчелся. А если бы услышали и выглянули в окно, то стали бы опасными свидетелями, которых бы Берия постарался уничтожить при первой возможности, хотя бы тогда, когда сам возглавил НКВД СССР. Бывшие же ханджяновские охранники благополучно пережили Лаврентия Павловича.
Предположение, будто для проникновения в комнату Ханджяна бериевские подручные воспользовались не комнатой охраны, а другой комнатой, где квартировали секретари армянского ЦК Аматуни и Гулоян, тоже не выдерживает критики. Получается, что тогда пришлось бы посвящать в столь щекотливые обстоятельства еще двух человек, один из которых к тому же стал преемником Ханджяна во главе коммунистов Армении.
Остается предположить, что чекисты забросили труп Ханджяна через окно, а Лаврентий Павлович командовал: «Давай, заноси! Осторожно, не кантовать!»