Как писал в своем сообщении от 22 июня, уже после подавления восстания, корреспондент «Правды» в Берлине П.А. Наумов (уже через 2 дня оно легло на стол Хрущеву), «в забастовках и демонстрациях активно участвовали не только отсталые рабочие, но и часть тех, кто был до сих пор на хорошем счету, активисты, новаторы, в том числе некоторые члены СЕПГ». Он отмечал, что руководство Социалистической единой партии Германии проявило «полное незнание настроений масс, отсутствие связи с массами, неумение разговаривать с народом». При этом, как подчеркивал Наумов, «в массе населения сохранилась, а теперь снова подогрета ненависть к советским людям». В толпах демонстрантов по отношению к советским гражданам раздавались выкрики: «Русские свиньи», «Обезьяны» и т. п.
Еще в докладной записке корреспондента «Правды» П.А. Наумова утверждалось: «Операция была тщательно подготовлена — и неплохо подготовлена — заранее и направлялась из одного центра». Этот центр советские пропагандисты усиленно искали за пределами ГДР, да так и не нашли. В Восточной Германии были проведены митинги с резолюциями, осуждающими «агентов Аденауэра». В этих резолюциях сотрудники ЦК КПСС спешно заменяли последнюю фразу на «агенты западных империалистических держав». Дело в том, что многие из восставших были против не только Ульбрихта, но и против христианско-демократического канцлера ФРГ Конрада Аденауэра. Выдвигались лозунги: «Долой Ульбрихта и Аденауэра, мы хотим Олленхауэра» (лидера социал-демократов); «Из Бонна убирайте свой навоз, из Панкова мы вывезли уж воз».
В Москве решили подавить восстание советскими войсками с использованием танков. Президиум ЦК поручил Берии ликвидацию беспорядков в ГДР. Сразу же после начала беспорядков в Берлин отправились начальник военной контрразведки Гоглидзе и заместитель начальника контрольной инспекции МВД Амаяк Кобулов. 18 июня в Берлин прибыл и сам Берия. Кстати сказать, этот факт сам по себе опровергает версию о «заговоре Берия». Какой глава заговора согласится накануне «дня Х» более чем на неделю уехать из страны, чтобы вернуться только перед самым переворотом, будто бы намеченным на 27 июня?
В ГДР Берия, вопреки распространенному мнению, не проявил особой жестокости и стремился минимизировать число жертв. Как отмечал в своем дневнике верховный комиссар США в Германии Конэнт, «русские при подавлении восстания не проявили ненужной жестокости» и, «как представляется, делали все возможное, чтобы избежать кровопролития». Однако даже столь «мягкое» поведение оккупационных войск стоило жизни, по официальным данным, 30 немецким рабочим и студентам. Еще около 400 человек были ранены. По неофициальным же, вероятно преувеличенным данным, только убитых насчитывалось несколько сот человек. Часть арестованных участников выступлений, объявленных зачинщиками, получили длительные сроки тюремного заключения. Сразу после ареста Берии, 29 июня, постановление от 12 июня было отменено без лишнего шума. Линия на создание нейтральной объединенной Германии была оставлена. Обанкротившиеся лидеры СЕПГ остались у власти на советских штыках, чтобы рухнуть в бездну 36 лет спустя.
Сразу после отъезда Берии в СССР, 26 июня, состоялся Пленум ЦК СЕПГ, на котором был упразднен пост генерального секретаря партии и провозглашен переход к коллективному руководству. Вальтер Ульбрихт из генсеков превратился в одного из членов Политбюро и первого заместителя премьер-министра.
Но в июле, уже после уничтожения Берии, состоялся еще один пленум СЕПГ. На нем были сняты со своих постов министр госбезопасности Вильгельм Цайсер, главный редактор «Нойес Дойчланд» Рудольф Хернштадт и заместитель председателя Совета Министров и куратор внешней разведки Антон Аккерман. Их назвали «агентами Берии в германском правительстве», а в 1954 году вообще исключили из партии. На июньском пленуме говорили о справедливом недовольстве рабочих, а на июльском — о «контрреволюционном путче» и «фашистской провокации», инспирированной Берией и его бандой.
После восстания 17 июня советская политика в ГДР была ужесточена. Возобновилось строительство социализма, пусть и не ускоренное, а о нейтрализации и объединении велено было надолго забыть. Жители Восточной Германии продолжали усиленно «голосовать ногами», перемещаясь в ФРГ через Западный Берлин, что вызвало в 1961 году возведение Берлинской стены.