Угрозами расправиться с семьей Мельник-Соколинской Комаров заставил ее подписать так называемый обобщенный протокол допроса, содержавший клеветнические измышления по адресу Жемчужиной. Однако даже содержавшиеся в этом протоколе гнусные измышления Комарова по адресу Жемчужиной показались недостаточными Абакумову. С этой целью подсудимому Броверману было дано задание «усилить» протокол и фальсифицировать выводы, якобы вытекавшие из показаний Мельник-Соколинской».
Протоколы с пикантными показаниями о жене Молотова могли быть использованы для зачтения на Политбюро перед снятием давнего сталинского соратника. После такого унижения Вячеслав Михайлович не смог бы оставаться среди вождей, даже если бы к суду его не привлекли. А мог быть и более традиционный вариант расправы с ним: арест — признание — закрытый суд — расстрел. По такой схеме расправились с фигурантами «ленинградскогого дела», а позднее — с членами Еврейского антифашистского комитета. И, скорее всего, именно такая печальная судьба ждала и самого Вячеслава Михайловича. Оставлять бывшего второго человека в партии и в стране в живых в случае низвержения с олимпа власти Иосиф Виссарионович, конечно, не собирался. Но в 1949 году Сталин полагал, что выводить Молотова в расход еще рано. И ограничился тем, что в марте 1949-го снял его с поста министра иностранных дел и из первых заместителей перевел в просто заместители председателя Совмина. Жемчужину же судить не стали, а решением Особого совещания при МГБ отправили в 5-летнюю ссылку в Кустанайскую область.
Преследования жены Молотова начались после того, как Сталин решил разогнать Еврейский антифашистский комитет. Ранее, в 1947 году, Советский Союз поддерживал создание государства Израиль в Палестине, рассчитывая на то, что удастся оказывать преобладающее политическое влияние на местную элиту, среди которой были популярны социалистические взгляды. Однако вскоре после создания Израиля стало ясно, что новое государство ориентируется на США, а не на СССР, деятельность ЕАК, с точки зрения Сталина, утратила свой смысл. Членам комитета инкриминировали предложение, сделанное еще в феврале 1944 года, о создании в Крыму Еврейской социалистической республики как некой альтернативы палестинскому Израилю. Тогда Советское правительство в идее «Калифорнии в Крыму» видела средство привлечения еврейских капиталов для восстановления советской экономики. С началом же «холодной войны» Сталин усмотрел в сионистском движении канал влияния буржуазной идеологии и распорядился свернуть деятельность еврейских организаций в СССР. По его приказу Абакумов организовал еще 13 января 1948 года убийство председателя ЕАК великого режиссера и актера Соломона Михоэлса, причем непосредственным исполнителем преступления был заместитель Абакумова генерал-лейтенант С.И. Огольцов. А 20 ноября 1948 года Политбюро одобрило постановление Бюро Совмина, которым Министерству госбезопасности поручалось немедленно распустить ЕАК, поскольку, «как показывают факты, этот комитет является центром антисоветской пропаганды и регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранной разведки». Членов комитета предписывалось пока не арестовывать. Аресты начались в январе 1949-го, когда взяли бывшего начальника Совинформбюро С.А. Лозовского, поэта Исаака Фефера, писателя Переца Маркиша и других членов ЕАК. Дело о «сионистском заговоре» начинал Абакумов, которому удалось выбить из арестованных признательные показания. Однако еще до суда над членами ЕАК Виктора Семеновича арестовали. Дело заканчивал новый министр госбезопасности С.Д. Игнатьев. Последний 24 августа 1951 года жаловался Маленкову и Берии: «Почти совершенно отсутствуют документы, подтверждающие показания арестованных о проводившейся ими шпионской и националистической деятельности под прикрытием ЕАК». С точки зрения Сталина, Абакумов гораздо хуже, чем покойный Ежов, умел воплощать в жизнь сценарии больших политических процессов. Не хватало фантазии и образования.
Процесс ЕАК пришлось делать закрытым. Он продолжался необычно долго — с 8 мая по 18 июля 1952 года. Даже всегда послушная Военная коллегия усомнилась в виновности подсудимых. Ее председатель А.А. Чепцов предложил вернуть дело на доследование, но его заверили наверху, что в Политбюро вопрос решен, и продиктовали приговор: 13 человек — к высшей мере наказания. Только одна из членов ЕАК — академик Л.С. Штерн отделалась тремя с половиной годами тюрьмы и пятью годами ссылки.
Донос на Абакумова принес старший следователь Следственной части по особо важным делам подполковник госбезопасности Михаил Дмитриевич Рюмин. Писал он его в кабинете заведующего отделом партийных, профсоюзных и комсомольских органов Семена Денисовича Игнатьева, человека, близкого к Маленкову (по другой версии — в кабинете помощника Маленкова Дмитрия Николаевича Суханова).
2 июля 1951 года М.Д. Рюмин обратился с письмом-доносом на имя Сталина Он утверждал, что Абакумов сознательно тормозил расследование дела о «еврейском националисте» враче Я.Г. Этингере.