Целый ряд признаков свидетельствовал о приближении решающего момента. Под видом рыбаков турецкие специалисты-саперы обследовали укрепления Мальты, в результате чего султан получил модель укреплений острова, на которой отрабатывал варианты атак вместе с будущими предводителями правоверного воинства полумесяца. С января 1565 года Стамбул вдруг оказался закрытым городом для иностранцев. В донесениях оттуда испанского посольства отмечалась лихорадочная работа на турецких верфях, лично контролируемых султаном. При этом для серьезной военной операции на Мальте требовались не только пушки и боезапас к ним, но и всё, чего нельзя было получить на Мальте – вплоть до воды и дров. По оценкам сведущих людей (в позднейшие времена называвшихся то шпионами, то разведчиками), указанные мероприятия обошлись Оттоманской Порте в треть годового дохода.
На этом общем фоне временами возникали проблемы экзотического (на современный взгляд) характера: например, транспортировка морем лошадей, поскольку требовалась кавалерийская поддержка войск после десантирования, и, таким образом, даже в те времена десантная операция была сложным делом. Эти приготовления не остались без внимания на Мальте, хотя вице-король Сицилии, отвечавший за поддержку Мальты, дон Гарсия Толедский оказался в затруднительном положении не только из-за голода, поразившего Италию, но и из-за весьма расплывчатых королевских инструкций из Мадрида.
Между тем сам орден решал проблему собственного обеспечения привычным способом, нападая на все суда в доступных акваториях и забирая с них все, что можно было забрать, начиная с пресной воды, не говоря о продовольствии или порохе. После получения тревожной информации с берегов Босфора дон Гарсия Толедский в апреле 1565 года проинспектировал укрепления Мальты, особо указав де Валлетту на роль форта Святого Эльма в системе обороны острова, одновременно обнаружив его опасные недостатки, что подтвердилось позднее. В Гранд-Харбор 7 мая была установлена цепь поперек бухты, разделяющей полуострова Биргу и Сангли. Комендантом крепости Медины в центре острова (всего в 12 километрах от побережья) был назначен рыцарь Педро Мезкито из Португалии, с четким указанием держаться до последнего в случае вражеской осады, поскольку вверенная ему крепость становилась в предстоящих событиях последней надеждой мальтийцев.
Однако на берегах Босфора, при всей спешке и понуканиях султанского двора, дела шли не лучше. Тем не менее перед тем, как заняться Мальтой вплотную, султан Сулейман высказал свою точку зрения вполне однозначно: «Эти сукины дети, которых я уже покарал, спаслись лишь благодаря моему милосердию на Родосе. Я говорю теперь, после их непрерывных набегов и оскорблений: они должны быть наконец сокрушены и уничтожены». Даже с учетом особенностей языка XVI века подобная речь не позволяла двойного толкования. Соответственно, 30 марта огромный караван галер и транспортных галеонов, не считая вспомогательных судов разного назначения, отправился в Мраморное море, причем экипажи и солдаты оставались в неведении о конечном пункте похода и его цели. Зато они знали о крушении галеона с порохом у берегов Греции и гибели на нем нескольких сот человек, как знали о нежелании многих военных принять участие в походе, значительном дезертирстве и многочисленных попытках откупиться в стремлении избежать участия в рискованном предприятии. Естественно, все это не могло не отразиться на настроении рядовых участников плавания, особенно кавалеристов, для которых всегда перевозки по морю оставались особой проблемой. В некоторых исторических трудах отмечено, что это событие происходило в общей атмосфере триумфа. Однако другие источники позволяют в этом сомневаться. Глядя на отплывающий флот галер в сопровождении транспортов, великий визир Али (который по своей должности не мог не быть в курсе событий) произнес таинственную фразу, которая, возможно, является верхом цинизма, характерного во все времена для политических деятелей верхнего звена: «Отправляются на увеселительную прогулку вокруг прекрасных островов…»
Точно так же ломало голову и командование в стане потенциального противника, получая редкие сообщения со встречных судов, также стремившихся избегать нежеланной встречи, – куда направляется эта армада под зелеными флагами пророка Мухамеда: к берегам Гулеты (испанского анклава в Тунисе), к Калабрии, к испанскому побережью или, наконец, к Мальте? Тем временем грандиозный флот не спеша двигался по направлению к своей цели. 7 апреля он встал на якорь в Афинах, а спустя месяц его обстреляли береговые батареи испанцев и итальянцев в Сиракузах (Сицилия).