"Группировкой (Вавилова) совершенно усвоена марксистская фразеология,… слабые и сильные стороны советского аппарата и партийного руководства, способ и методы определения политических убеждений и настроений отдельных лиц… В узком кругу… обычными являются беседы… о "кучке негодяев", об "изменении политического курса". По адресу т. Сталина Вавилов иначе как в контрреволюционном клеветническом тоне не говорит…"
Начиная с 1933 года Сталин и Молотов неоднократно демонстрировали отчуждённо-холодное, а иногда и прямо пренебрежительное отношение к Вавилову. Зарубежные экспедиции ВИРа прекратились. Ходатайства Вавилова об откомандировании его на очередные международные конгрессы отклонялись или оставались без ответа. Во второй половине 1934 года было отменено санкционированное ранее Я. Яковлевым празднование 10-летия ВИРа (ИПБиНК) и 25-летия научной деятельности Вавилова. В феврале 1935 года, на VII Съезде Советов, Вавилов не был переизбран членом ЦИК. В июне 1935 года он был снят с поста президента ВАСХНИЛ и переведён в вице-президенты. В декабре 1935 года на встрече В. М. Молотова с учёными, когда Вавилов докладывал о планах научно-исследовательских работ биологического отделения Академии наук, среди которых была и такая экзотическая тема, как "Исследование одомашнивания лисицы", председатель правительства прервал его возгласом: "Что за фантазия одомашнивать лису? И когда Вы, академик Вавилов, перестанете заниматься пустяками??" Осенью 1936 года согласие правительства СССР на проведение в Москве очередного международного генетического конгресса, о котором долго хлопотал Вавилов, было фактически отозвано. В 1937-39 гг. на страницах центральной печати неоднократно появлялись критические статьи о деятельности Вавилова и ВИРа.
Во второй половине 1930-х гг. публичная критика Н. Вавилова как директора ВИРа усилилась. Вновь и вновь отмечалось отставание института от решения срочных сельскохозяйственных проблем; чрезмерная академичность работ многих его ведущих сотрудников. А. К. Коль в 1936 году, в статье "Реконструкция растениеводства СССР", повторил свои утверждения, что в ВИРе
Сменивший А. К. Коля в должности зав. отделом интродукции[84] института Г. Н. Шлыков тоже неоднократно выступал с критическими оценками деятельности Вавилова и его руководства ВИРом.
Критика Вавилова звучала на страницах газет, в стенах Академии наук, ВАСХНИЛ. 4 октября 1937 года в "Правде" появилась статья "На старых позициях", в которой отмечалось, что громадные средства на экспедиции не оправдали себя; что институт, вместо сортов, дал сотни монографий и ботанических описаний. В 1937 году было урезано финансирование ВИРа. В Учёный совет института был введён, независимо от Вавилова и вопреки его желанию, ряд новых членов. В мае 1939 года президиум ВАСХНИЛ, после обсуждения отчёта ВИРа, признал его работу неудовлетворительной.