ВАСХНИЛ 1948 года занялся "подковёрной" борьбой с мичуринской биологией. Например, когда в 1951 году в изданиях Академии наук СССР появились статьи Н. В. Турбина против Т. Д. Лысенко, автор вскоре был "избран" академиком Белорусской Академии наук и назначен директором Института биологии АН БССР, что в те времена могло происходить только с санкции отдела науки ЦК уже КПСС, то есть с участием Ю. Жданова. Затем снова пошел поток писем в ЦК КПСС с критикой Т. Д. Лысенко.
Дальнейшее развитие событий следующим образом описывает Ю. Жданов.
Что можно на это сказать? "Подковёрная" борьба Ю. Жданова сработала, поток писем ввел в заблуждение И. В. Сталина и, в нарушение устава ВАСХНИЛ, поступило предложение ввести в состав президиума А. Жебрака, который не являлся не только академиком ВАСХНИЛ, но даже не был членом-корреспондентом этой академии. Однако при жизни И. В. Сталина Жебрак не был введён в состав президиума, а Цицин не был назначен вице-президентом ВАСХНИЛ.
Далее Ю. А. Жданов описывает события тех лет.
Таким образом, аргументация Т. Д. Лысенко и поддержка министра сельского хозяйства И. А. Бенедиктова не позволили Ю. Жданову с вейсманистами учинить разгром Т. Д. Лысенко при жизни Сталина.
В марте 1953 года после смерти Сталина три секретаря ЦК ― Суслов, Поспелов и Шаталин ― предложили Ю. Жданову покинуть работу в аппарате ЦК и вернуться в Московский университет. Однако через неделю решение изменили и предложили ему на два года уехать из
Москвы для приобретения опыта личной партийной работы, то есть практически, как пишет сам Ю. Жданов, это была депортация. Ему были предложены на выбор челябинский или ростовский отдел науки обкомов партии и он согласился на Ростов.
На партийной работе в отделе науки Ростовского обкома КПСС Ю. А. Жданов долго не задержался. Как номенклатурный работник, он через некоторое время перешёл на административную работу в вуз. За поддержку формальных генетиков Ю. Жданов получал преференции в кругах "либеральной интеллигенции". В 1957 году он защитил вторую кандидатскую диссертацию и в том же году, не будучи доктором наук, в возрасте 38 лет, был назначен ректором Ростовского государственного университета ― одного из крупнейших вузов России.
Работая в Ростове, Ю. Жданов по-прежнему симпатизировал "формальным генетикам". Интересовался творчеством Н. И. Вавилова. В своей статье он писал: