Сталин, по-видимому, в это время не особенно внимательно следил за положением в биологической науке и вокруг неё. Однако выступление Ю. Жданова 10 апреля 1948 года всё сильно поменяло.
17 апреля 1948 года Т. Д. Лысенко направил И. В. Сталину и А. А. Жданову письмо, в котором говорил, что он готов отказаться от президентства в ВАСХНИЛ и просил предоставить ему условия для работы по развитию мичуринской биологии для колхозно-совхозной практики. Министру сельского хозяйства И. А. Бенедиктову он послал заявление с просьбой об освобождении с поста президента ВАСХНИЛ.
Получив письмо Лысенко и узнав о лекции Жданова, Сталин понял, что дело зашло слишком далеко. Что Лысенко вот-вот "съедят", и руководство сельским хозяйством страны перейдет к рокфеллеровским стипендиатам[43], "специалистам мирового уровня по дрозофиле" и "улучшателям евгенических качеств граждан" ― то есть, развалится.
Как и в других случаях, ответ Сталина на попытку вынудить его принять решение, идущее вразрез с государственными интересами, был очень резким. Итогом неуклюжих действий вейсманистов на этот раз стал их полный административный разгром ― удаление с большинства занимавшихся ими управленческих постов в науке и преподавании[44].
31 мая 1948 года состоялось заседание Политбюро, на котором обсуждалось выступление Юрия Жданова. Сталин возмущённо заявил, что Жданов-младший поставил своей целью уничтожить Лысенко, забыв, что на нём сегодня держится сельское хозяйство, что Лысенко ― это Мичурин в агротехнике.
15 июля 1948 года Политбюро приняло постановление: "В связи с неправильным, не отражающим позиции ЦК ВКП(б) докладом Ю. А. Жданова по вопросам биологической науки, принять предложение министерства сельского хозяйства СССР, министерства совхозов СССР и академии сельскохозяйственных наук имени Ленина об обсуждении на июльской сессии академии сельскохозяйственных наук доклада акад. Т. Д. Лысенко на тему "О положении в советской биологической науке", имея в виду опубликование этого доклада в печати". В тот же день, 15 июля 1948 года постановлением правительства в состав ВАСХНИЛ был введён ряд известных учёных, в основном являвшимися сторонниками Т. Д. Лысенко[45].
Об отставке Лысенко уже не было речи. Трофим Денисович подготовил доклад, ставший сконцентрированным выражением его взглядов на проблемы наследственности и критических замечаний по отношению к научным и идеологическим позициям оппонентов. 23 июля 1948 года Т. Д. Лысенко направил Сталину следующее письмо:
Доклад был лично просмотрен и отредактирован Сталиным.
Таким образом, партийно-политические интриги вейсманистов оказали, как и их попытки использовать западную поддержку, обратный эффект.