Все это, вместе взятое, стало для вновь назначенного начальника сухопутной обороны крепости генерала Кондратенко определяющим в его дальнейшей деятельности. Только безусловная уверенность в своих силах, четкая организация и искоренение каких бы то ни было пораженческих настроений могли спасти крепость. С этого времени и стала крылатой в среде портартурцев его любимая фраза: «Гарнизон крепости не сдается, но погибает вместе с ней…», — которую Роман Исидорович неустанно повторял всем и везде: офицерам своего штаба, солдатам в окопах, морякам в порту…
Крепость готовилась к отпору. Кондратенко вновь окунулся в организационную лихорадку. Предстояло выдержать серьезный бой при утверждении новой организации сухопутной обороны крепости. В принципе согласный с новой схемой, Роман Исидорович добивался самостоятельности в решении вопросов сухопутной обороны. Вся она делилась на два фронта — приморский и сухопутный. Сухопутный подразделялся на две части. Первая включала территорию от Крестовой горы до форта № 5 и заканчивалась редутом Белый Волк. Не без труда, преодолевая яростное сопротивление Фока, назначенного командиром общего резерва, добился Роман Исидорович утверждения начальниками первой и второй частей обороны своих подчиненных. Эти должности заняли командиры бригад 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майоры В. Н. Горбатовский и К. В. Церпицкий.
На фронте установилось относительное спокойствие. Изредка крепостная артиллерия обстреливала вражеские позиции, да охотничьи команды вели постоянную разведку. Затишье позволило Кондратенко вывести на позиции войска согласно новой диспозиции быстро и организованно. На правом участке передовых позиций, у гор Дагушань и Сяогушань, сосредоточилось 12 рот с восемью орудиями, в центре 20 рот, четыре охотничьи команды и 18 орудий. Основные силы были выведены на крепостные верки первой части обороны — 50 рот с 30 орудиями и второй части — 36 рот с 16 орудиями. В резерве у Фока остались два полка 4-й дивизии, сотня казаков и 24 орудия.
Распределив войска по оборонительным рубежам, Кондратенко отдал приказ использовать каждый час передышки для совершенствования инженерного оборудования позиций. Сам он сутками не покидал форты и сооружения. Замелькала по крепости, порту, укреплениям знакомая маленькая фигурка в пропыленном мундире. Вновь по вечерам в небольшом домике генерала собирались единомышленники, чтобы за ужином решать неотложные вопросы, намечать план работ на следующий день. Горячился вспыльчивый подполковник Рашевский, как обычно, оставался собранным и спокойным подполковник Науменко. От инженерных вопросов переходили к оперативным, от них — к сугубо техническим, обсуждая предложение присутствующего тут же лейтенанта Подгурского о новом использовании морских мин. Но в отличие от витгефтовской коллегиальности здесь чувствовалась твердая направляющая рука опытного руководителя. Последнее слово всегда оставалось за Кондратенко. Он не навязывал своего мнения, но, выслушав множество аргументов, всегда выделял главное, нужное именно сейчас, и мало кто из присутствующих на таких совещаниях мог возразить генералу.
После ухода гостей, оставаясь один, Роман Исидорович продолжал анализировать события ушедшего дня, планировал буквально поминутно следующий, всякий раз с горечью чувствуя нехватку времени.
«Сколько тебе, генерал Кондратенко, его ни давай, все будет мало, — думал он. — Но что поделаешь?.. Столько вопросов, и все безотлагательны. Вчера приказал на хребте между Угловой и Высокой поставить дополнительно шесть орудий, сделать на обратных скатах укрытия для артиллеристов. Сегодня поднимали с затонувших японских брандеров митральезы для установки на передовых позициях. Завтра надо усилить Угловые горы двумя-тремя обстрелянными ротами, да и офицеров бы туда поопытней. И все надобно согласовывать со Стесселем, уговаривать, просить…»
И еще был один больной вопрос. Пора, уже давно пора ставить на место зарвавшихся инженеров, обозников. В крепости накануне штурма продолжало процветать взяточничество, казнокрадство. Кондратенко с горечью замечал, как некоторые из инженеров продолжают видеть даже в лихую для Родины годину одну цель — обогащение. Еще весной он писал жене: «Наши военные инженеры совершенно не помогают войскам в скорейшем создании блиндажей и вообще не идут навстречу интересам войск, а заняты почти исключительно казнокрадством. Поэтому инженеры ведут только те работы, на которые можно нанять китайцев, причем число нанятых китайцев в своих отчетах для получения денег увеличивают страшно и таким образом наживаются. Те же работы, на которых участвуют только войска, инженеры тормозят. Такова же и деятельность интендантства: недостает обуви, обмундирования, снаряжения, часть людей ходит в порванных валенках, принесенных из дома…»