Пребывание судов на открытом рейде дает неприятелю возможность проводить ночные атаки. Никакая бдительность не может воспрепятствовать энергичному неприятелю в ночное время обрушиться на флот с большим числом миноносцев… Результат такой атаки будет для нас очень тяжел… Японцы не пропустят такого бесподобного случая нанести нам вред. Вполне понимаю, что пребывание флота на внутреннем рейде Порт-Артура есть зло, но еще большее зло — стоянка на большом рейде с огромным расходом угля, с крайним утомлением команд и возможностью больших потерь от минных атак неприятеля. Из двух зол надо выбирать меньшее, а потому я бы считал, что благоразумие требует держать не занятые операциями суда флота во внутреннем бассейне Порт-Артура…
Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флот, то мы принуждены будем это сделать после первой ночной атаки, заплатив дорого за ошибку».
Находясь за тысячу верст от Порт-Артура, Макаров полностью предугадал трагические события ночной атаки 26 января.
Получив это письмо, Авелан немедленно доложил о нем шефу российского флота великому князю Алексею Александровичу, а через неделю царь подписал указ о назначении вице-адмирала Степана Осиповича Макарова командующим Тихоокеанским флотом. 1 февраля он был извещен о назначении и через два дня, сформировав штаб, выехал с ним на театр военных действий.
Во время пути штаб, как и сам командующий, работал с полным напряжением сил. Макаров составлял план ведения кампании. Еще не зная боевых качеств эскадры и ее личного состава, он требует у Морского министерства отправки в Порт-Артур кораблей отряда адмирала Вирениуса, находившегося в то время в Средиземном море. Помимо этого, адмирал просил срочно перебросить по железной дороге из Балтики восемь миноносцев и сорок миноносок. В этих требованиях не было ничего нового, так как еще до войны Макаров в докладных записках обращал внимание на слабое оснащение Тихоокеанской эскадры современными миноносцами. На Морское министерство его телеграммы обрушились как ушат холодной воды — так оперативно в Петербурге работать не привыкли. А когда получили от Макарова с дороги письмо с просьбой напечатать в самый короткий срок его книгу «Рассуждения по вопросам морской тактики», немедленно ответили отказом.
Отрицательный ответ министерства мог сломить кого угодно, но только не Макарова. Он увидел в этом не только нежелание отыскать какие-то пятьсот рублей для издания книги, но и недоверие к нему как командующему флотом. Об этом он и написал в Петербург: «Отказ в напечатании понимаю как недоверие моим взглядам на ведение войны, а посему, если моя книга не может быть напечатана теперь, то прошу меня заменить другим адмиралом, который пользуется доверием…»
Книгу было приказано напечатать, но автор так и не дожил до ее выхода в свет…
24 февраля новый командующий эскадрой прибыл в Порт-Артур и прямо с вокзала отправился на эскадру. Штабу приказал в кратчайший срок разместиться и подготовить документы.
Эскадра после памятного боя 27 января в море не выходила. Исправление поврежденных судов шло медленно, а о боевой подготовке исправных кораблей и говорить не приходилось. Дисциплина на кораблях падала. Офицеры большую часть времени проводили на берегу, отпуск матросов был тоже практически неограничен.
Макаров начал осмотр эскадры с порта и доков, в которых находились на ремонте корабли. Столь быстрое появление нового командующего не позволило коменданту порта адмиралу Греве навести даже подобие порядка. В ремонтных мастерских еле теплилась жизнь. Прибывшие в крепость еще до начала войны, рабочие и в мирное время были лишены элементарных человеческих условий труда, а с началом боевых действий оказались в еще более тяжелом положении. Магазины и портовые лавки закрылись, с жильем было плохо. Только недавно рабочим определили паек, да и тот вдвое меньше солдатского. Все это, помимо слабой организации работ, отрицательно сказывалось на темпах ремонта.
Выводы новый командующий сделал незамедлительно. Греве с поста коменданта был снят. Рабочих поставили на флотский паек и обеспечили жильем за счет казарм флотского экипажа.