В августе 1689 года Петр, опасаясь покушения на свою жизнь в результате заговора Софьи и верных ей стрельцов, спешно бежал из села Преображенского в Троице-Сергиев монастырь. Узнав об этом, к монастырю стали подходить верные Петру полки. Под знамена законного царя потянулись недовольные прежним правлением служилые люди, отдельные стрелецкие команды. Скорым маршем подошли выпестованные Петром I потешные полки. Прибыл в Троицу и патриарх. Вскоре обозначился значительный перевес в военной силе. Под стены монастыря явились и боевые отряды генерала Патрика Гордона, полковников Франца Лефорта, Родиона Страсбурга и Ивана Чамберса. С тех пор, как выражались в XVIII веке, «начала вступать в милость фамилириату иноземцам».
Софья признала власть младшего брата. Допросы ее приближенных вел Б. А. Голицын. Начальника Стрелецкого приказа Федора Шакловитого, верного Софье, пытали и казнили без колебаний. Саму правительницу решено было заточить в монастырь. Василия Васильевича Голицына и его сыновей Петр приказывает лишить чинов и имений и сослать в далекий северный городок Яренск. В Пустозерск, Пинегу, Кострому разосланы думные дьяки прежнего правительства…
«Надобно знать,- отмечает Б. И. Куракин в своих «Записках»,- что ссылка князю Голицыну учинена по прошению князя Бориса Алексеевича Голицына, а ежели б не по его заслугам, то б, конечно, был взят к розыску так же, как и Шакловитой». Одержав победу над двоюродным братом, Б. А. Голицын всячески пытался спасти его от казни, которой упорно добивались Нарышкины. Случись такое, рассуждал Борис Алексеевич, на весь род Голицыных ляжет позорное пятно. Злопамятный Лев Кириллович Нарышкин, заметив перемену в действиях Б. А. Голицына, обвинил его в измене.
В «Записках графа Матвеева», сына погибшего во время первого стрелецкого бунта ближнего боярина, говорится о том, что осенью 1689 года Петр I повелел Борису Алексеевичу удалиться в деревню. «Два года он носил опалу,- сделал примечание к первому изданию «Записок» известный русский библиофил и собиратель фольклора И. П. Сахаров,- и только по убеждению Петра он возвратился ко двору».
Повелось считать, что именно тогда, в период несправедливой опалы, Б. А. Голицын и начал строить в Дубровицах, на месте деревянной Ильинской церкви, каменный храм. Следует, однако, уточнить, что письменного указа о высылке Бориса Алексеевича в Дубровицы не существовало, а неудовольствие царя рассеялось гораздо быстрее.
В начале 1690 года в Дубровицы пришла весть о пожаловании князя Бориса Алексеевича Голицына в боярское достоинство. Это совпало с указом о пожаловании в бояре и Льва Нарышкина. Голицын отправился в Москву на торжественную церемонию. И не в память ли об этом значительном для себя событии приказал он построить на месте еще крепкой деревянной церкви в Дубровицах новый каменный храм?
В изданном в 1802 году «Географическом словаре Российской империи» приведен подробный рассказ о строительстве Знаменской церкви. Написан он почти сто лет спустя после постройки храма местным священником С. И. Романовским. Автор поведал любопытные подробности, известные ему со слов предшественников.
«Достав в знании сем превосходнейшего архитектора, родом италианца,- указывал Романовский,- вышесказанный Ильинский храм повелел перенести в деревню Лемешово, расстоянием от Дубровиц в одной версте (где с 1753 года построена также каменная) для кладбища. По снесении ж на том месте в Дубровицах, 1690 года июля 22 дня, во вторник, торжественно основан нынешний, столь же знаменитой и редкой архитектуры каменный храм во имя Честного образа Знамения Пресвятые Богородицы, и сей день того времени и поныне церковным отправляется там празднеством».
Борису Алексеевичу нравилось в Дубровицах, но пренебрегать государственными делами ради сельских забав не следовало: прежние соратники превратились в недоброжелателей. Принимая боярскую шапку, Б. А. Голицын рассчитывал занять место двоюродного брата и возглавить правительство. Но бывшие «преображенцы» этого не допустили. Они убедили Петра назначить в Посольский приказ Льва Кирилловича Нарышкина, а бывшего воспитателя оставить в прежней должности начальника Казанского приказа.
Даже спустя много лет Б. А. Голицын помнил эту обиду. Утешением для него было то, что от него не требовали подчинения, и он, как хотел, правил своей частью государства. О небывалой независимости Голицына в первые годы правления Петра I вспоминал Б. И. Куракин:
«Князь Борис Алексеевич Голицын сидел в Казанском дворце и правил весь Низ так абсолютно, как бы государем, и был в кредите при царице Наталье Кирилловне и сыне ея, царе Петре Алексеевиче…»
Голицына поддерживали иностранцы, и прежде всего любимец Петра генерал Франц Лефорт. По свидетельству современников, дружеские встречи с Лефортом отнимали у Голицына больше времени, чем управление Низом, как тогда называли Донские степи и Нижнее Поволжье. Рассчитывая на помощь Лефорта, Голицын все же упустил шанс оттеснить Льва Нарышкина.