Более обширные и яркие сведения имеются о крещении новгородцев. В местной новгородской летописи подробно рассказывается о том, как пришедший из Киева в 989 г. епископ Иоаким Корсунянин (в летописи он титулован как архиепископ) первым делом «требища разруши, и Перуна посече», а затем, избивая его «жезлеем», поволокли к Волхову и бросили его в реку. При этом «заповеда никому же нигде не прияти». По этой версии новгородцы послушались этого приказания. Один из них, выйдя рано на реку и увидев приставшего к берегу кумира, оттолкнул его от берега и со злорадством изрек: «ты… Перушице, досыти еси пил и ял, а ныне поплови прочь». Таким образом, по летописной традиции умалчивается о каких-либо волнениях при крещении древнерусского населения. В других же текстах сохранились лишь глухие отголоски сопротивления жителей Новгорода, даже вооруженного. Описывается сопротивление, например, Перуна, кричавшего: «Ох, ох мне, достахся немилостивым сим рукам». А проплывая «сквозе великии мост», соединявший берега Волхова в пределах города, он закидывает свою палицу на мост. Действительно, в последующее время соперничающие новгородские группировки бились на этом мосту. Еще один факт, косвенно свидетельствующий о немирном крещении Новгорода, заключается в том, что церковь первый новгородский епископ ставит не на месте языческого капища, как принято, а на территории Кремля, где было безопасней. О настоящем побоище при христианизации Новгорода написано в Иоакимовской летописи. До последнего времени ее повествование считалось не заслуживающим доверия. Но раскопки, проведенные известным советским археологом В. Л. Яниным, доказывают возможность описанных событий. Согласно этому рассказу в Новгород вместе с епископом был направлен дядя Владимира — Добрыня (ранее он осуществлял здесь языческую реформу). Горожане, узнав об этом, на вече решают не дать войти в город дружинникам и священникам и разрушить свои святыни. Центром сопротивления стала Софийская сторона, куда не мог перейти Добрыня из-за того, что новгородцы предусмотрительно «разметавше мост великий» через Волхов. Поэтому «удар» миссионеров в первые два дня принимали на себя жители Торговой стороны. Однако несмотря на то, что священники «ходихом по торжищам и улицам, учахом люди, елико можахом», крещеными стали только «неколико сот». Только в результате военной хитрости тысяцкого Путяты удалось 500 мужам «носчию» высадиться на территории Людиного конца Софийской стороны. И тогда «бысть между ими сеча зла». «Софьяны» разорили и разграбили дом Добрыни, убили его родственников. Разрушили они и церковь Преображения существовавшей до крещения общины христиан-новгородцев. По распоряжению переправившегося на рассвете Добрыни у берега Софийской стороны были подожжены дома. Необходимость тушить пожар прервала битву. Пожар, по свидетельствам археологов, уничтожил все сооружения на большой площади (только в пределах раскопа площадь превышала 9000 м2). По завершении крещения церковь наряду с другими постройками была восстановлена, что также подтверждается археологическими раскопками. На пожар указывают брошенные и не использованные после 989 г. клады, спрятанные под полом сгоревших домов. Возможно, что владельцы этих сокровищ погибли. С того времени появилась в народе пословица: Новгород «Путята крести мечом, а Добрыня огнем».
Несмотря на такое ожесточенное сопротивление, христианская церковь здесь смогла стать на твердую почву. Новгородский епископ Иоаким развернул широкую деятельность. Сразу после крещения был построен тринадцатиглавый деревянный собор св. Софии, а вскоре и каменная церковь. В 1030 г. был произведен набор в священнослужители «от старост» и «от поповых детей».