Сначала появилась бесплатная городская больница для бедных в Санкт-Петербурге, на Литейном проспекте, с домовой церковью во имя апостола Павла, небесного покровителя убиенного супруга-императора. Через год на откупленных казной пустырях была выстроена больница и в Москве: в 1804 году заложили здание — близнец петербургского проекта Дж. Кваренги, который в Москве воплощали зодчие И. Жилярди и А. Михайлов. Так печальная Божедомка взамен Убогого дома с ямой-ледником для трупов украсилась великолепием русского классицизма. В 1806 году состоялись открытие больницы и освящение домовой церкви: Божедомке суждено будет стать «малой родиной» писателя, пространством его детских впечатлений и прогулок, а церкви во имя апостолов Петра и Павла — его первым приходским храмом. В жизни страждущих храм играл важнейшую роль — священники исповедовали, утешали, укрепляли больных, провожали их в последний путь. Церковь к тому же была домовым храмом для всего персонала больницы и членов их семей, проживавших в казенных квартирах на территории больницы в специально выстроенных флигелях.
Главное правило больницы подтверждало, что «бедность есть первое право» получить здесь помощь в любое время суток, и точно обозначало цель: «Оказывать безвозмездно врачебное пособие всякого состояния, пола и возраста и всякой нации бедным и неимущим больным, судя по роду и степени болезни: или оставляя больных для лечения в больнице, или надзирая над приходящими ежедневно за советом и лекарствами». Всякий, «будучи болен, может явиться или кем приведен быть в оную больницу и в оную принят будет... Бедным и неимущим в сем случае разумеется тот, который не может иметь в болезни за собою надлежащего присмотра, не знает лекаря, который бы ему помог, и заплатить за лекарство не в состоянии».
Патронессой больницы до самой своей смерти в 1828 году оставалась императрица Мария Федоровна; она вникала в смету и текущие расходы, проверяла отчеты, которые слал ей официальный опекун больницы граф А. И. Муханов, следила за назначениями и поощрениями лекарей, за состоянием палат, за посадкой деревьев в саду, за питанием больных (по ее настоянию на больничной территории был устроен огород). На должность главного доктора был приглашен немец из Вюртемберга Х. Ф. Оппель, получивший образование на родине и служивший с 1790 года лекарем в Касимове; ему поручено было составить правила для управления больницей, которые государыня сочтет образцовыми и высочайше одобрит.
Больница пользовалась огромной популярностью. Ежедневно стекался сюда хворый люд, выстаивал очереди, тянувшиеся через весь сад до приемного покоя, испрашивал совет, получал лекарства, обнадеживался лечением и уходом. Очень скоро больница стала практической школой для молодых врачей Медико-хирургической академии. Накануне оккупации Москвы Мария Федоровна повелела сохранять обычный порядок, продолжать пользовать лежачих больных, строго повиноваться главному доктору. Указам этим доктор Оппель следовал свято, но вот французы, войдя в город и обнаружив в больнице безупречный порядок, выпроводили пациентов за ворота и устроили здесь свой военный госпиталь; врачи же, зная правило помощи страждущим «всякого состояния и всякой нации» и не имея выбора, вынуждены были лечить раненых солдат неприятеля. Оппель и его служащие, помня о присяге, ответили на произвол отказом получать от захватчиков жалованье, но при этом сохранили имущество больницы, спасли от пожара и разорения корпуса Екатерининского и Александровского институтов, находившиеся по соседству, а также церковь Иоанна Воина на Божедомке; больница смогла дать приют москвичам, укрывавшимся здесь от огня, грабежей и насилия, бушевавших в городе.
Трудно переоценить, что' значили уроки любви, кротости и сердоболия, которые практиковались здесь не на словах, а на деле и которые с первых мгновений своей жизни мог усвоить чуткий сердцем ребенок. «Человеколюбие, ласковость, братское сострадание к больному иногда нужнее ему всех лекарств» — это убеждение автор «Мертвого дома» вынес из детства. Опираясь на собственные впечатления, он скажет доброе слово об отцовской профессии: «Много лекарей на Руси пользуются любовью и уважением простого народа, и это, сколько я заметил, совершенная правда. Знаю, что мои слова покажутся парадоксом, особенно взяв в соображение всеобщее недоверие всего русского простого народа к медицине и к заморским лекарствам...»