Таким образом, выяснилось, что переход семинариста в медицинские студенты состоялся в возрасте совершеннолетия. Была опровергнута версия А. М. Достоевского о материнском благословении — к концу 1808 года матушки Анастасии уже несколько лет не было в живых. Оказалось, что за обучение в семинарии обоих сыновей в течение шести лет платил отец. За годы, проведенные в Шаргородской семинарии, куда сын священника из Войтовцов обязан был поступить согласно епархиальным распоряжениям (Во исполнение указа Павла I о получении образования всеми детьми священников 15 марта 1798 года епископ Подольский и Брацлавский, преосвященный Иоанникий внес предложение в Консисторию, согласно которому «священно и церковнослужители, имеющие детей от 10 до 15 лет, которые обучались российской грамоте и писать, также и в познании латинского языка несколько упражнялись, должны представить их в Шаргород непременно, опасаясь за непредоставление на назначенный срок своих детей, неминуемо по указам взыскание» (См.: Федоренко Б. В. О неясном в жизнеописании М. А. Достоевского // Достоевский и мировая культура. Альманах № 3. С. 21).), он, успев пройти низшие и средние классы, обучался чистописанию, правописанию, катехизису сокращенному и пространному, изъяснению Евангелий воскресных и праздничных, латинскому букварю, всеобщей истории с географией, российской и латинской грамматике и риторике, языкам — греческому, немецкому, французскому, польскому, рисовальным искусствам, а также ряду других предметов, изучаемых в русской школе. Старшие классы, где ученики проходили философию и богословие, были переведены в 1808 году в Каменец-Подольск, а братья Достоевские остались в Шаргородской семинарии, которая получила название Подольско-Шаргородской и имела только нижние и средние классы, до класса риторики включительно.
Спустя семь десятилетий Ф. М. Достоевский, учитывая, быть может, пример своего отца, выскажется в «Дневнике писателя за 1876 год» о том, кто такие «лучшие люди». «Явился прилив новых сил снизу общества, по нашей терминологии, демократических уже сил, — и особенно из семинаристов. Прилив этот привнес много живительного и плодотворного в отдел лучших людей, ибо явились люди со способностями и с новыми воззрениями, с образованием, еще неслыханным по тогдашнему времени, хотя и в то же время и чрезвычайно презиравшие свое прежнее происхождение и с жадностью спешившие преобразиться, посредством чинов, поскорее в чистокровных дворян. Надо заметить, что кроме семинаристов, из народа и из купцов например, лишь весьма немногие пробились в разряд “лучших людей”, и дворянство продолжало стоять во главе нации».
«Формулярный список о службе» М. А. Достоевского называет точную дату, когда, по окончании класса риторики, он вступил в число казенных воспитанников по медицинской части в московское отделение Императорской медико-хирургической академии — 14 октября 1809 года. К этому моменту академия, созданная в Петербурге по именному указу императора Павла I от 18 декабря 1798 года «О строительстве помещений для учебных театров (аудиторий) врачебного училища и для общежития его учеников» (дата подписания указа стала днем основания академии), успела отметить десятилетие своего существования. Московская медико-хирургическая академия, организованная в 1800 году на базе медико-хирургического училища при Московском госпитале и вскоре закрытая, возобновила свою работу в 1808-м как московское отделение Петербургской академии — ибо стало ясно, что Петербург не в состоянии обеспечить выпуск такого количества врачей, какое нужно было России, воевавшей одновременно с Англией, Персией, Турцией и Швецией.
Курс академии был рассчитан на четыре года, пятый отводился работам в госпитале. Воспитанники первого и второго классов именовались учениками, третьего и четвертого — студентами; им присваивались права студентов Московского университета. В 1808 году академия была возведена императором Александром I (он стал почетным членом академии) в ранг «первых учебных заведений империи», получила права Академии наук, стала именоваться императорской (ИМХА), продолжая и развивая лучшие традиции медицинского образования, которые сложились в Российской империи во второй половине XVIII века. Выпускники медицинского факультета Московского университета, где регулярные занятия велись с 1764 года, а также медико-хирургических училищ Петербурга, Кронштадта, Москвы и Елисаветграда получали звания лекарей и отправлялись служить в армию и на флот.