Когда Достоевский стал работать над второй частью романа, возникла центральная глава всей композиции — исповедь Ставрогина. Но Катков отказывается печатать девятую главу второй части «Бесов» в своем «семейном» журнале и обрекает этим автора на ломку всей структуры сложившегося большого романа, уже в значительной части опубликованного. Тщетно Достоевский ищет выхода из разразившейся над ним катастрофы и создает варианты с компромиссными решениями, надеясь спасти свой план и идею хотя бы в их основных направлениях. Тема преступления над малолетней, отчасти уже звучавшая в истории Свидригайлова, разработана в главе «Бесов» с такой глубиной, что ни один из вариантов ее Катков не соглашается утвердить для печати. Достоевский пытался было показать, что грех Ставрогина существовал лишь в его воображении как вымысел его расстроенной фантазии, а не как факт. Но и это отвергается редакцией. Достоевскому остается принять последствия veto и исключить из «Бесов» центральную главу «У Тихона» с ее вторым разделом — исповедью Ставрогина. Задуманный фрагмент «Жития великого грешника» рушится. В нем автор приводил революционного подпольщика Ставрогина в келью монаха каяться в своих нравственных падениях. Как и в других своих романах, здесь Достоевский противопоставлял социализму и бунту религиозное начало — православную церковь. Именно таким был ведущий мотив задуманного «Жития», или «Атеизма», герой которого обретал, наконец, русского Христа и русского бога, становился воспитателем нищих детей и благодетелем обреченных на гибель арестантов, как идеальный друг несчастных доктор Гааз.
Пережив потрясающий удар по своему заветнейшему замыслу, Достоевский на целых четырнадцать месяцев прекращает публикацию своего романа. И когда в конце 1872 года в «Русском вестнике» появляется последняя часть «Бесов», эпопея возрожденного грешника утрачивает черты романа-поэмы типа «Божественной комедии» Данте и как бы перекликается с мрачными средневековыми моралите о страшной гибели нераскаянного преступника. Медленное разложение Ставрогина в новых падениях и прегрешениях приводит его к отчаянию и самоубийству.
Но, покорившийся внешне своим антагонистам, Достоевский внутренне сохранял верность очистительной идее. В самый момент окончания романа он продолжает искать пути для воплощения своего первоначального замысла о просветлении омраченной совести всенародным покаянием. В конце ноября или в начале декабря 1872 года Достоевский еще не отказался опубликовать «Исповедь Ставрогина». Об этом свидетельствуют последние строки рукописи «Бесов»:
«После Николая Всеволодовича оказались, говорят, какие-то записки, но никому не известные. Я очень ищу их. Может быть, найду и если возможно будет…
Finis». {Публикуется впервые.}
Это драгоценное свидетельство об отношениях Достоевского к одной из своих стержневых тем, которую он снабдил открытым финалом, с перспективами к будущим воплощениям.
Первоначально главными героями романа выступали Нечаев и Иванов — первый под знаком Раскольникова, второй под знаком Мышкина: теоретик-убийца и гибнущий «прекрасный человек». Исторические современники — студент Нечаев и раскольник Голубев — должны были столкнуться в романе и дать искру для воспламенения всей фабулы.
Но с первых же сообщений об убийстве газеты, как мы видим, рядом с Нечаевым и Ивановым называют третьего современника, масштабы фигуры которого особенно в 1870 году значительно превосходили этих студенческих деятелей, — Бакунина. Личность его, получившая в русской и европейской печати в связи с нечаевским убийством необычайное значение и злободневность, и была положена Достоевским в основу центрального образа романа — Ставрогина. Только под таким освещением загадочный образ героя выступает из сумрака сложнейшей психологической тайны и получает необходимое истолкование. В этом образе Достоевский решил воплотить свое представление о знаменитом русском бунтаре, стремясь показать, что вся его оглушительная деятельность бесплодна и беспредметна, как и его прославленная личность. Носитель мировой революционной славы, по толкованию Достоевского, — окованный рефлексией русский барич, скиталец по Европе, оторванный от корней родной почвы, пленник изощренной мысли, бессильный что-либо свершить и обреченный на бездеятельность и бесславную погибель.