Он любил борьбу, диспуты с оппонентами в стенах Вольного экономического общества или университета. Споры с противниками даже в тех случаях, когда Докучаев не выходил победителем, не приводили его в уныние. Честные споры не пугали Докучаева. Если, высказав новую смелую гипотезу, сегодня он был разбит, — завтра он снова брался за работу, продолжал борьбу и с новыми силами отстаивал свои позиции. Но в Новой Александрии борьба начала постепенно принимать такие формы, к которым меньше всего был приспособлен Докучаев. Подоплека борьбы, которую вели враги Докучаева, была самая низменная. Еще 18 апреля 1893 года Докучаев с горечью писал из Новой Александрии своему другу Измаильскому: «Здесь чортова каша… Справиться с здешними самодурами — дело далеко не легкое».
Непосредственным начальником Докучаева был попечитель Варшавского учебного округа, сановный чиновник Апухтин. Он был недоволен деятельностью Докучаева. Его, собственно, мало беспокоили учебные реформы, проводимые в институте, — его тревожила и раздражала другая перемена, которая произошла в институте. До приезда Докучаева отношения между институтом и Апухтиным носили характер «патриархальный», «вотчинный». На обязанности директора института лежали всякого рода натуральные поставки. Учебное хозяйство имения до появления Докучаева не приносило институту дохода: масло, молоко, овощи, живность — все, что производилось в хозяйстве, безвозмездно отправлялось Апухтину.
В институте нехватало помещений для занятий и лекций, но обширные апартаменты были отведены для Апухтина, проводившего здесь, как в своем родовом поместье, летние месяцы, что дорого обходилось институтскому хозяйству.
Докучаев разрушил эти «вотчинные» порядки. В бывших апартаментах Апухтина разместили кабинет и лабораторию новой кафедры почвоведения. И тогда началась борьба, тяжелая, изнурительная борьба с вельможным попечителем. Все мероприятия Докучаева тормозились, все нововведения осуждались, его все больше и больше опутывали сетью мелких кляуз, доносов, сплетен. В Петербург из учебного округа шли отчеты, искажавшие все дела и поступки Докучаева. Если он настаивал на создании общежития, Апухтин, который не мог простить «захват» своей летней резиденции, не только не поддерживал ходатайства Докучаева, но намекал в Петербурге на опасный противоправительственный характер этого проекта. Твердая позиция по отношению к властям, проявленная Докучаевым в период студенческих волнений, вызвала новую волну доносов на «неблагонадежного» профессора, «подстрекающего» студентов на «возмутительные действия». И так изо дня в день, из месяца в месяц. Сначала Докучаев не обращал на это внимания. Дальше становилось все хуже. Завязывалась борьба с подлым и мелким врагом, действующим исподтишка, с помощью всего арсенала канцелярских ухищрений, выработанных российскими помпадурами на протяжении долгого времени. В письмах Докучаева появляются все чаще такие слова: «Мои отношения с Апухтиным натягиваются все более и более», «Мои отношения с Апухтиным натянулись так, что могут лопнуть к 1 сентября».
На четвертый год пребывания в Новой Александрии, за несколько месяцев до первого выпуска воспитанников, Докучаев не выдержал. Измученный, разбитый нравственно и физически, летом 1895 года он покинул Новую Александрию, сказав на прощальном обеде восточную пословицу: «Никто не тревожит бесплодное дерево, но каждый бросает камни в то, на котором растут золотые яблоки».
Уход из Новой Александрии означал крушение заветных планов Докучаева, его надежд на воспитание достойных продолжателей и учеников, и ставил под сомнение будущее кафедры почвоведения, созданной с таким трудом. Больше трех лет жизни он отдал Новой Александрии, безжалостно расходовал на нее свои силы, вложил в дело всю душу, и в результате выдающийся ученый вынужден был уйти. Одолеть чиновную силу не мог в те времена в России ни один, даже самый выдающийся ученый.
Победа досталась Апухтину легко, потому что прогрессивная деятельность Докучаева не могла не вызвать враждебного отношения в правящих кругах, с большой подозрительностью следивших за реформами ученого.
Узнав об отъезде Докучаева, Апухтин немедленно дал предписание новому институтскому начальству: «Моего помещения не занимайте; оставьте его для меня».