Сначала давайте уточним, что такое «доказательство». Только в математике можно доказать что-либо (например, теорему) абсолютно строго. Такие математически строгие и неопровержимые доказательства по-английски называются
Не только биология, но и другие естественные науки основаны преимущественно как раз на таких фактах, которые когда-то были просто гипотезами, потом стали теориями, а потом были признаны доказанными фактами. Например, биологическая эволюция до выхода в свет книги Дарвина «Происхождение видов» (1859) была скорее гипотезой, чем теорией. Дарвин сделал из нее хорошо обоснованную теорию. Кстати, всем, кто сомневается в реальности биологической эволюции, нужно обязательно прочесть эту книгу (русский перевод здесь). Если уж вы хотите возражать против научной теории, ознакомьтесь сначала с основными, самыми очевидными свидетельствами в ее пользу, которые были доступны еще в XIX веке.
Совершенно несостоятельны возражения против естественнонаучных гипотез и теорий, строящиеся по принципу «этого никто никогда не видел, следовательно, это не доказано». Очень многие научные истины (доказанные факты) недоступны непосредственному наблюдению. Например, никто никогда не видел ядро атома кислорода и не мог подсчитать в нем протоны, чтобы убедиться, что их там именно восемь, а не семь или тринадцать с половиной. Однако в ядре атома кислорода действительно ровно восемь протонов. Из этого обстоятельства вытекает много проверяемых следствий, все они подтверждены результатами экспериментов, поэтому ученые обоснованно считают наличие восьми протонов в ядре атома кислорода не гипотезой, не теорией, а доказанным фактом. Сомневаться в этом глупо и, главное, непрактично: если вы начнете планировать эксперименты или какие-нибудь технологические процессы, исходя из предположения об ином числе протонов в атоме кислорода, вас ждут большие разочарования. Биологическая эволюция является доказанным фактом в точно таком же смысле.