С такими мыслями он, как верный и благоразумный правитель, начал насыщать духовной пищей Божественного слова алчущие души. Он проповедовал в святых церквах с великой любовью, добротой и смирением. До того времени в результате либо небрежения, либо необразованности его предшественников, вся его епархия была исполнена беспорядка и беззакония, и церковное общество пребывало в испорченном состоянии. Св. Макарий, подобно новому Зоровавелю[48], принялся с великой ревностью и усердием восстанавливать церковную жизнь, освобождая ее от всякой испорченности. Прежде всего он уволил на покой всех недостаточно образованных священников, а также тех, кто был не в состоянии достойно совершать священническое служение из-за преклонного возраста. Затем он запретил всем священникам принимать участие в политике, ибо в то время во многих местах существовал дурной обычай, когда одни и те же лица были священниками и «ходжамбасидесами»[49]. Тех, кто не подчинялся этому установлению, он запрещал в священнослужении. При рукоположении священников он строго соблюдал Апостольские и Соборные правила. Он никогда не рукополагал за деньги ни священников, ни других причетников. Он возводил в духовный сан только того, кто был достоин по дару Духа Святого. Более того, он не рукополагал никого, кто не достиг соответствующего возраста, несмотря на то что в его епархии была нужда в священниках. Проверяя тех, кто хотел стать священниками, он посылал всех, кто был недостаточно подготовлен, в монастыри, чтобы они могли там потратить на образование и подготовку деньги, которые прежде они бы отдали за рукоположение. Он не рукополагал также диаконов во священников, не обучив их прежде всего правильному совершению всех церковных служб, и раздавалвсем клирикам Катехизис для изучения. Во всех городах и деревнях своей области он поставил большие крестильные купели для того, чтобы Святое Крещение совершалось по всем правилам нашей Святой Православной Церкви. Святой иерарх совершил множество других поучительных и спасительных дел. Он строил школы по всей своей епархии и богоугодно, с отеческой заботой пас свое словесное стадо.
Но вот в 1768 году, во времена правления султана Мустафы, началась война между русскими и турками, и русский флот появился около Пелопонесса. Отец св. Макария, предвидя и опасаясь трагических последствий, взял его и всю семью и направился на остров Закинф. На пути они столкнулись с пиратами, которые отняли у них все, что они имели, к счастью не лишив никого из них жизни. Так после многих страданий они приехали на Закинф. Обитатели острова приняли их с добротой и сочувствием и обеспечили их одеждой и пищей. Они оказали особую честь св. Макарию, которого почитали как нового апостола Христова.
Позже Макарий поехал на остров Кефалонию для того, чтобы приложиться к мощам св. Герасима. Через три месяца он вернулся на Закинф и прожил там еще три года. Затем он отправился на остров Гидру, где оставался в монастыре Пресвятой Богородицы до тех пор, пока в 1774 году не был восстановлен мир между русскими и турками.
В это время Константинопольский Синод рукоположил нового архиепископа Коринфского[50]. Но чтобы смягчить скорбь св. Макария, Синод позволил ему беспрепятственно служить как епископу, где бы он ни находился.
Через год св. Макарий поехал на Хиос. Оттуда вскоре он отправился на Святой Афон, куда давно стремился попасть. Однако он не нашел на Афоне спокойной духовной гавани спасения. Напротив, его встретило бушующее море. Сразу же к нему обратились те, кто совершал панихиды по воскресеньям, и спросили его, одобряет ли он их практику. Он ответил отрицательно. Когда же в монастыре Кутлумуш умер бывший патриарх Александрийский Матфей, и св. Макарий был приглашен отслужить панихиду по нему на сороковой день, который приходился на воскресенье, он не только отказался служить, но написал приближенным усопшего патриарха следующее: «Почему вы предпочитаете служить панихиды в воскресенье и пропускаете другие дни недели, и таким образом нарушаете правила и постановления Церкви, запрещающие это делать? Я никогда не совершал и никогда не буду совершать панихиды по усопшим в воскресенье». После этого приближенные усопшего патриарха стали угрожать ему и послали его письмо ко Вселенскому патриарху.
Огорченный всем этим, св. Макарий покинул Афон и вернулся на Хиос. Отсюда он направился на Патмос, где познакомился и подружился со святыми отцами Нифоном Хиосским, Григорием Нисиросским и Афанасием Армянским. Все они также покинули Святой Афон несколькими годами ранее из-за скандалов, связанных с панихидами.