Публикация «Педалиона» была доверена монаху Феодориту. К сожалению, о. Феодорит внес в книгу много произвольных добавлений, особенно в отношении служения панихид, таким образом изменив первоначальное учение. Св. Никодим и Агапий были глубоко опечалены этим, так как Феодорит сделал книгу сомнительной в преподнесении подлинного учения Церкви. Чтобы исправить совершенное зло, Вселенский патриарх Неофит V в 1802 году приказал вымарать все добавления Феодорита. В последующих изданиях эти добавления уже не печатались.
«Педалион» вскоре был признан и в Греции, и в России одной из самых авторитетных Церковных книг. Она семь раз переиздавалась на греческом, один раз на русском и один раз на английском. Английский перевод был сделан Денвером Каммингом с пятого греческого издания и опубликован в 1957 году.
Следующей грандиозной задачей св. Никодима была подготовка книги толкований 14 Посланий апостола Павла. Он придавал большое значение Посланиям Апостола и видел насущную потребность в книге, которая толковала бы и ясно и просто на языке, доступном всем грекам. Св. Никодим взял книгу толкований Феофилакта, архиепископа Болгарского (Х1 век), которая была написана на древнегреческом, и перевел ее на современный греческий язык. Он написал к ней введение и многочисленные комментарии, что, в конечном счете, заняло почти половину всего объема книги в 1350 страниц.
О важности Посланий Апостола св. Никодим пишет в своем введении: «Мои братья христиане, всегда вы должны читать благоговейные Послания апостола Павла для того, чтобы научиться из них догматам православной веры, традициям святых апостолов, обязанностям христианской жизни; научиться, как избежать пороков и как приобрести христианские добродетели. Я говорю вам, что если вы будете это делать и будете читать апостола Павла постоянно, то за короткий промежуток времени вы достигнете удивительных изменений в вашем характере и жизни, поскольку Послания блаженного Павла имеют сверхъестественную силу, которая изменяет человека. Они превращают волков в овец, неразумных в разумных, диких в ручных. Злых в добрых».
О толкованиях Фиофилакта св. Никодим говорит, что в них многое почерпнуто из толкований св. Иоанна Златоуста, текстам которого Феофилакт следовал очень близко. После Златоуста толкования Феофилакта своею ясностью и краткостью выражений превосходят все прочие толкования. Но написанные на древнегреческом языке, «они оставались скрытым сокровищем для неученых и простых христиан». Вот почему, говорит св. Никодим, он перевел эту книгу на современный греческий. И добавляет, что для наибольшей ясности текста он расширил краткие объяснения и добавил цитаты из Священного Писания и отцов, подтверждающие толкования.
Все три тома «14 Посланий апостола Павла в толковании Феофилакта» были опубликованы в 1819 году уже после кончины св. Никодима.
Св. Никодим предавал большое значение чтению не только Священного Писания и писаний святых отцов, но также чтению житий святых. Так он занялся подготовкой житий святых к публикации. Он подготовил три книги житий: «Новый Еклогион»», «Новый Мартирологион» и «Синаксарий». Он собрал рукописи 50 житий святых мужей и жен I-XVII веков, которые вели духовную подвижническую жизнь. Прежде эти жития не издавались. Многие из них, находившиеся в старых рукописях, написанные на древнегреческом, он перевел на новогреческий.
В своем введении к «Новому Еклогиону» св. Никодим подчеркивает великое значение, которое имеет чтение житий святых для всех: духовенства, монахов и мирян. Он говорит, что жития святых очень поучительны, поскольку дают прекрасный пример для подражания.
Эта его книга впервые была издана в 1803 году. Второе ее издание вышло в 1863 году, третье – в 1974 году.
«Новый Мартирологион», впервые опубликованный в 1799 году без указания автора, вероятно был подготовлен св. Никодимом совместно со св. Макарием. Св. Макарий подготовил первый, черновой вариант книги и передал ее св. Никодиму для дополнений, исправлений и перевода некоторых житий на новогреческий. В книге собраны 85 житий православных новомучеников периода 1492–1794 годов. Более поздние издания этой книги (1856, 1961) содержат еще и другие жития святых последующего времени, по 1838 год включительно.
«Синаксарий» содержит жития святых, память которых празднуется Православной Церковью на протяжении всего года. Св. Никодим перевел на новогреческий язык «Синаксарий», написанный в XVI веке дьяконом Маврикием из «Великой Церкви», то есть из Константинопольской Патриархии. Максим Маргуниос (1549–1602), епископ Кифарский, перевел эту работу с древнегреческого на новогреческий, но его перевод был неудачным. По этой причине многие афонские монахи просили св. Никодима сделать новый перевод. Патриарх Григорий У, находившийся в то время в ссылке в Иверском монастыре на Афоне, также просил св. Никодима сделать новый перевод. За два года напряженной работы св. Никодим перевел оригинал на доступный новогреческий язык, отредактировал и дополнил его.