Освобождение Москвы и отступление короля Сигизмунда дало возможность московскому правительству заняться созывом собора для избрания царя. В ноябре 1612 г. по всем городам были разосланы грамоты с приказом выслать выборных людей в Москву. В грамотах говорилось: «Москва от польских и литовских людей очищена, церкви Божии в прежнюю лепоту облеклись и Божие имя славится в них по-прежнему; но без государя Московскому государству стоять нельзя, печься об нем и людьми Божиими промышлять некому, без государя вдосталь Московское государство разорят все: без государя государство ничем не стоится и воровскими заводами на многие части разделяется и воровство много множится».
Заседания собора начались 6 декабря 1612 г., хотя к тому времени в Москву прибыли лишь немногие выборные. Ход же заседаний собора уже три столетия вызывает споры историков. Официальные царские историки описывали елейную историю, как весь собор, умиляясь, избрал на царство Михаила Романова. Любые иные версии в XIX веке грозили Сибирью. В XX веке у историков-монархистов в эмиграции не было цензуры, но они с восторгом повторяли сказки XIX века.
Что же касается «прогрессивных» историков конца XIX — начала XX века, то их в основном мало интересовали подробности собора. В своих политических интересах они выпячивали сам факт созыва собора и то, что царь Михаил обещал править, в дальнейшем опираясь на волю последующих соборов. Таким образом обосновывалась утопическая идея проведения государственных соборов в России второй половины XIX — начала XX века.
Официальная версия событий хорошо изложена у С.М. Соловьева: «Прежде всего стали рассуждать о том, выбирать из иностранных королевских домов, или своего природного русского, и порешили «литовского и шведского короля и их детей и иных немецких вер и никоторых государств иноязычных не христианской веры греческого закона на Владимирское и Московское государство не избирать, и Маринки и сына ее на государство не хотеть, потому что польского и немецкого короля видели на себе неправду и крестное преступленье и мирное нарушенье: литовский король Великий Новгород взял обманом». Стали выбирать своих: тут начались козни, смуты и волнения; всякий хотел по своей мысли делать, всякий хотел своего, некоторые хотели и сами престола, подкупали и засылали; образовывали стороны, но ни одна из них не брала верх. Однажды, говорит хронограф, какой-то дворянин из Галича принес на собор письменное мнение, в котором говорилось, что ближе всех по родству с прежними царями был Михаил Федорович Романов, его и надобно избрать в цари. Раздались голоса недовольных: «Кто принес такую грамоту, кто, откуда?» В то время выходит донской атаман и также подает письменное мнение: «Что это ты подал, атаман?» — спросил его князь Дмитрий Михайлович Пожарский. «О природном царе Михаиле Федоровиче», — отвечал атаман. Одинакое мнение, поданное дворянином и донским атаманом, решило дело: Михаил Федорович был провозглашен царем».
Русские самодержцы были вольны уничтожать свои архивы. Но существуют и архивы других государств. Вот, к примеру, протоколы допроса стольника Ивана Чепчугова и дворян Н. Пушкина и Ф. Дурова, попавших в 1614 г. в плен к шведам. Пленников допрашивали каждого в отдельности, поочередно, и их рассказы о казацком перевороте совпали между собой во всех деталях: «Казаки и чернь не отходили от Кремля, пока дума и земские чины в тот же день не присягнули Михаилу Романову».
Подобное говорили и дворяне, попавшие в плен к полякам. Польский канцлер Лев Сапега прямо заявил пленному Филарету Романову: «Посадили сына твоего на Московское государство одни казаки».
13 апреля 1613 г. шведский разведчик доносил из Москвы, что казаки избрали Михаила Романова против воли бояр, принудив Пожарского и Трубецкого дать согласие после осады их дворов. Французский капитан Маржерет, служивший в России со времен Годунова, в 1613 г. в письме к английскому королю Якову I подчеркивал, что казаки выбрали «этого ребенка», чтобы манипулировать им.
Как уже говорилось, наши церковные историки постарались «умертвить» Пафнутия еще в 1611 г. Но на их беду он был жив. Это обнаружено одним из лучших историков Русской церкви профессором богословия Антоном Картуковым, который, находясь с 1919 г. в Париже, несколько десятилетий посвятил истории православной церкви и выпустил многотомный труд.
Как уже говорилось, после смерти патриарха Гермогена митрополит крутицкий стал первым лицом в русской церковной иерархии. Он-то и руководил собором в первые месяцы. Лезть самому в патриархи ему не позволяли ни состояние здоровья, ни его прежние похождения. Естественно, Пафнутий не мог простить Пожарскому его попытку сделать Исайю митрополитом крутицким. И ему ничего не оставалось делать, как примкнуть к своим давним покровителям — Романовым. Перед самым приездом Михаила Романова в Москву Пафнутий умер, и встретил претендента на престол уже казанский митрополит Ефрем.