Для поднятия боевого духа ополчения Минин и Пожарский успешно использовали провоз через Ярославль иконы Пречистой Богоматери Казанской. В 1611 г. казанские ратники привезли ее под Москву в войско Ляпунова, а теперь везли по Волге в Казань. В Ярославле было организовано несколько молебнов у иконы, и с нее местные богомазы сделали список (копию). Этот список и отправили по Волге в Казань, а подлинник стал главной святыней ополчения. По свидетельству летописца, «ратные ж люди велию веру начаша держати к образу Пречистыя Богородицы...»
Ярославское правительство учредило и новый государственный герб, на котором был изображен лев. На большой дворцовой печати были изображены два льва, стоящие на задних лапах. При желании введение нового герба можно объяснить тем, что все самозванцы выступали под знаменами с двуглавым орлом, гербом русского государства еще со времен Ивана III. Но с другой стороны, новый государственный герб был уж очень похож на герб князя Пожарского, где были изображены два рыкающих льва. Да и сам Пожарский теперь именовался «Воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарсково-Стародубский».
Деятельность ярославского правительства начала приносить плоды. Даже отдаленные области Поморья и Сибири слали деньги и своих представителей в Ярославль.
В мае 1612 г. в Ярославле возникла «моровая язва». Умерло несколько десятков ополченцев. Часть дворян, не спросясь у воеводы, покинула город и отправилась в свои поместья. По приказу Пожарского были выставлены заставы с казаками, никого не выпускавшие из Ярославля.
Ополченцы и ярославцы дали обет для избавления от мора в один день построить церковь Спас Обыденный. Приступили к постройке в ночь на 24 мая, и уже вечером началось освящение. В тот же день воевода Пожарский с крестным ходом прошел от главного собора до городских ворот, а затем обошел все крепостные валы.
И диво — мор действительно прекратился столь же внезапно, как и начался. Чудесное избавление Ярославля от мора не могло не усилить веру ополченцев в правоту своего дела и поднять авторитет их вождя.
В отношении первого ополчения Минин и Пожарский вели гибкую политику, благодаря которой удалось избежать не только войны, но даже и официального разрыва между ополчениями. С другой стороны, по всей стране рассылались грамоты с обличениями руководителей первого ополчения. С некоторой долей упрощения ситуации это можно представить так: Минин и Пожарский признавали власть первого ополчения только под Москвой и больше нигде. В места, находившиеся под контролем Трубецкого и Заруцкого, посылались отряды дворян, которые выдавливали оттуда казаков, а кое-где и выбивали силой.
В апреле 1612 г. к Суздалю подошел отряд князя Романа Петровича Пожарского, и атаману Просовецкому пришлось уносить ноги. В мае воевода Иван Наумов подошел к Переславлю-Залесскому, и казаки снова бежали без выстрела. В том же мае князь Дмитрий Черкасский выбил казаков из Углича. Четыре атамана сразу перешли на его сторону, но к остальным пришлось применить силу.
Чтобы очистить путь на север, Дмитрий Пожарский отправил в Пошехонье отряд Лопаты-Пожарского. Воровские казаки были выбиты из Пошехонья. Их атаман Василий Толстой бежал в Кашин, где засел воевода первого ополчения Дмитрий Черкасский. Недолго поразмыслив, Черкасский перешел на сторону Пожарского.
Торжок и Владимир также подчинились «Совету всей земли», созданному в Ярославле.
Считая себя правителем государства, Пожарский взял в свои руки все внешнеполитические дела. Воевода прекрасно понимал, что у второго ополчения нет сил для одновременной войны с поляками и шведами, и решил выиграть время, вступив в переговоры со Швецией. Для этого 13 мая 1612 г. в Новгород был послан Степан Татищев с грамотами от Минина и Пожарского к митрополиту Исидору, новгородскому воеводе князю Ивану Большому Никитичу Одоевскому и шведскому воеводе Якобу Делагарди70.
В грамотах к митрополиту и воеводе Одоевскому содержались запросы о состоянии дел в Новгороде и о взаимоотношениях со шведскими оккупантами. В грамоте к Делагарди Минин и Пожарский писали, что если король шведский «даст брата своего на государство и окрестит его в православную Христову веру», то второе ополчение поддержит его кандидатуру на русский престол.
19 мая Татищев отправился обратно в Москву с грамотами от Исидора, Одоевского и Делагарди, которые обещали прислать своих послов в Ярославль. Вернувшись, Татищев сообщил, что в Новгороде от шведов «христианской вере никакой порухи и православным крестьянам разорения никакого нет, а живут по-прежнему безо всякое скорби», и что шведский принц Карл-Филипп ожидается вскоре в Новгороде по воле Новгородского государства.