Слухи о вводе полков дошли и до патриарха. Гермоген решил созвать собор по этому поводу. У патриарха собралось множество дворян, купцов, стрельцов и посадских людей. Патриарх дважды посылал за боярами, но они не явились, ссылаясь на занятость государственными делами. Тогда Гермоген велел передать боярам, что если они не хотят прийти к нему, то он сам пойдет к ним, и не один, а со всем московским народом. Бояре испугались, пошли к патриарху и два часа уговаривали его. Гермоген объяснял боярам, что гетман нарушает условия договора, не отправляет войска в Калугу против «вора», свои полки хочет ввести в Москву, а русское войско выслать против шведов. Бояре же утверждали, что ввод польского войска в Москву необходим, иначе чернь предаст ее «вору». Иван Никитич Романов сказал патриарху, что если Жолкевский отойдет от Москвы, то всем боярам, спасая свои жизни, придется идти за ним, и тогда Москва достанется «вору», и Гермоген будет в ответе за это. Однако патриарх продолжал стоять на своем. Наконец Мстиславский грубо закричал на Гермогена: «Нечего попам мешаться в государственные дела!»
Бояре Салтыков, Шереметев, Андрей Голицын и дьяк Грамотин выехали к толпе народа и начали уговаривать людей не поднимать мятеж. В конце концов толпа разошлась.
В ночь с 20 на 21 сентября польские войска тихо вошли в Москву. Часть поляков вместе с Жолкевским разместилась в Кремле, остальные заняли Китай-город, Белый город и Новодевичий монастырь. Чтобы обеспечить коммуникации с Польшей, по приказу гетмана полки заняли города Можайск, Борисов и Верею.
Военный аспект оккупации разрешился довольно легко. Зато возникла проблема верховной власти. Формально считалось, что Владислав уже царствует. В церквях попы возносили молитвы за его здравие. От его имени вершили суд. В Москве чеканили монеты и медали с его именем и профилем. К Владиславу под Смоленск отправлялись запросы по политическим и хозяйственным делам, жалобы, челобитные с просьбами о предоставлении поместий и т.п. Ответы приходили довольно быстро, щедро раздавались чины и поместья. Однако подписаны они были не Владиславом, а Сигизмундом. Чтобы не смущать население, бояре обратились к королю с просьбой, чтобы под грамотами стояла подпись Владислава. И действительно, с начала 1611 г. в грамотах появляется «Царь и великий князь Владислав», но его подпись стояла после подписи короля Сигизмунда. Таким образом, Сигизмунд стал не только фактическим, но и почти официальным правителем Руси.
Первым из поляков, понявшим, что русский народ никогда не примет Сигизмунда, стал Жолкевский. Он шел в Москву, чтобы сделать русским царем Владислава. Если бы Владислав принял православие, женился на русской боярышне, то его сын вырос бы русским человеком, и вполне вероятно, что шведская династия на сотни лет прижилась бы на Руси (Сигизмунд был этническим шведом, а не поляком). Но претензии Сигизмунда на московский трон заведомо обрекали семитысячный отряд поляков на гибель. Во всем польском войске это понимал лишь Жолкевский. Как мы уже знаем, буйные паны влезли в Москву вопреки воле гетмана. Теперь ему ничего не оставалось, как уехать.
В начале октября 1610 г. Жолкевский покинул Москву. Прощаясь с войском, он сказал: «Король не отпустит Владислава в Москву, если я немедленно не вернусь под Смоленск». По приказу короля Жолкевский взял с собой бывшего царя Василия и его братьев Дмитрия и Ивана Шуйских. Вместо себя Жолкевский оставил Александра Гонсевского, который незадолго до этого сам себя произвел в русские бояре.
А теперь мы вернемся к «великому» посольству, отправившемуся к королю, во главе которого были князь Голицын и митрополит Филарет. Посольство двигалось медленно, и лишь 7 октября 1610 г. оно прибыло под Смоленск. Поляки приняли посольство «с честью» и отвели 14 шатров за версту от королевского стана. Кормили послов поляки плохо, а на жалобы отвечали, что «король не в своей земле, а на войне, и взять ему самому негде». Видимо, в этом ляхи были правы, вспомним историю с королевскими драгоценностями.
10 октября король дал аудиенцию послам, которые просили Сигизмунда отпустить своего сына на московское царство. Канцлер Лев Сапега от имени короля отвечал послам в расплывчатых выражениях, что король-де желает спокойствия в Московском государстве и назначит время для переговоров. А в это время в королевском совете спорили, отпускать ли Владислава в Москву. Сначала Лев Сапега, уже не надеясь взять Смоленск, был на стороне тех, кто соглашался отпустить королевича в Москву, но вскоре изменил свое мнение. Особенно повлияло на Сапегу письмо королевы Констанции, которая писала: «Ты начинаешь терять надежду на возможность взять Смоленск и советуешь королю на время отложить осаду: заклинаем тебя, чтоб ты такого совета не подавал, а вместе с другими сенаторами настаивал на продолжении осады: здесь дело идет о чести не только королевской, но и целого войска».