Беспокойство, по словам Юрия Ивановича, стало возникать как-то постепенно и проступило вначале в отношениях Сергея и Милы: его жизнь была как-то непрозрачна, он часто не говорил, куда и насколько уходит… И вдруг — следствие, арест! По версии следствия, Зилитинкевичу и его заместителю Барангулову вменялись весьма серьезные злоупотребления служебным положением. Если верить обвинению — Зилитинкевич был одним из «пионеров» столь распространившегося сейчас «распила денег», выдаваемых как бы на нужды науки… Сейчас, увы, это стало почти обыденностью жизни многих предприятий и министерств. Его изобретательный ум открыл «ворота в будущее», ставшее эпохой коррупции. Но тогда таких «пионеров» еще строго наказывали. Нельзя сказать, что Зилитинкевич открывал «ворота в будущее» совсем без страховки. Он умел просчитывать все, или почти все. Его заместителем в институте был Барангулов, сын какого-то крупного партийного деятеля Узбекистана. Тогда тоже были «крыши», и пока Барангулов имел такую защиту, никакой следователь не посмел бы возбудить против него дело. Но тут как раз началась громкая история с разоблачением узбекских вождей, руководство страны решило «сдать» слишком зарвавшихся узбекских начальников — видимо, для того, чтобы улучшить свою собственную репутацию. Помнится, тогда вся страна жила этими событиями. Следователи узбекского дела — Иванов и Гдлян затмили в ту пору всех телезвезд, даже Аллу Пугачеву. Вся страна с замиранием смотрела на экраны: неужели что-то началось? Неужели действительно накажут партийных руководителей такого ранга… пусть даже и в далеком Узбекистане? Неужели началось то, что все так давно ждали: разоблачение злоупотреблений властей — пусть даже начавшееся с окраин? Конечно, подавалось это не как «разоблачение», а, наоборот, как «очищение рядов», и без жертв тут было не обойтись. Руководство проявляло в этом деле определенную настойчивость. И вот, как только разоблачения в Узбекистане дошли и до родни Барангулова — тут же арестовали и Барангулова-младшего и Зилитинкевича. Можно сказать, что они попали под «кампанию» — в то время дела, связанные с узбекскими разоблачениями, расследовались с особой, показательной строгостью. Конечно, сиял тут и «зуб», который власти давно имели на Лихачева — как не воспользоваться таким шансом? Для них тут сразу многое «удачно сошлось» — поэтому дело велось с особым рвением.
Дмитрию Сергеевичу «дистанцироваться» от этого компрометирующего его события никак не удалось. Дочь Мила в отчаянии требовала все более активного его вмешательства. Дмитрий Сергеевич дошел до главного прокурора города. Как рассказывал Юрий Иванович, есть версия, будто бы прокурор сказал Лихачеву: «Вы хоть знаете — кого вы защищаете?!» — и показал Дмитрию Сергеевичу весьма компрометирующие Зилитинкевича снимки «веселых вечеринок». Лихачеву пришлось вынести и это и, более того, продолжать свои усилия в этом направлении: состояние Милы было весьма тяжелым, и отойти от этого дела Дмитрий Сергеевич не мог. При этом он не мог и не понимать, какой урон наносит эта его деятельность его престижу (академик покрывает преступника!) — и насколько труднее будет теперь «работать с властью» для достижения главных его задач, для защиты культуры. «Не много ли сразу просите? — могли теперь сказать они ему. — Выбирайте что-нибудь одно!» Но и это пришлось ему перенести.
Внучка Зина в сделанном ею фильме «Частные хроники», посвященном Лихачеву, упоминает его письмо, в котором содержатся такие слова: «Мебель продали удачно. Теперь можем нанять хорошего адвоката». Дело Зилитинкевича рассматривалось судами очень долго и, усилиями опытнейшего адвоката Яржинца, постоянно пересматривалось, и все больше проступала тема: Зилитинкевич пострадал невинно, власти таким путем пытаются подобраться к неприступному Лихачеву и воздействовать на него. Тема эта становится довлеющей, и передовая общественность горячо поддерживает эту версию. Разоблачать происки власти было тогда самым важным занятием интеллигенции. И надо сказать, власть многое делала для того, чтобы ее не любили. Была сурова. Предприимчивость каралась, как и инакомыслие. Хотя к инакомыслию многие уже относились одобрительно… впрочем, как и к предприимчивости.